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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4arp | ||||||
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タイトル | Structure of the inactive pesticin E178A mutant | ||||||
要素 | PESTICIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / MURAMIDASE (リゾチーム) / INACTIVE MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 代謝 / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | YERSINIA PESTIS (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.296 Å | ||||||
データ登録者 | Zeth, K. / Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes. 著者: Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V. / Zeth, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4arp.cif.gz | 280.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4arp.ent.gz | 229.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4arp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40032.867 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57159 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→79 Å / Num. obs: 41466 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 36.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AQN 解像度: 2.296→79.18 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.368 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.296→79.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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