PDB-4akt: PatG macrocyclase in complex with peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4akt

タイトル

PatG macrocyclase in complex with peptide

要素

SUBSTRATE ANALOGUE
THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

キーワード

HYDROLASE/PEPTIDE / HYDROLASE-PEPTIDE COMPLEX /

HYDROLASE (加水分解酵素) /

PATELLAMIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / serine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PROCHLORON DIDEMNI (バクテリア)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Bent, A. / Houssen, W.E. / Zollman, D. / Morawitz, F. / Shirran, S. / Vendome, J. / Nneoyiegbe, A.F. / Trembleau, L. / Botting, C.H. ...

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Mechanism of Patellamide Macrocyclization Revealed by the Characterization of the Patg Macrocyclase Domain.
著者: Koehnke, J. / Bent, A. / Houssen, W.E. / Zollman, D. / Morawitz, F. / Shirran, S. / Vendome, J. / Nneoyiegbe, A.F. / Trembleau, L. / Botting, C.H. / Smith, M.C. / Jaspars, M. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2012年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月22日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月6日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4akt.cif.gz	259 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4akt.ent.gz	219.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4akt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4akt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4akt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aksC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hdt-d 4aks-2 2ada-d 3t6a-4 4h6x-2 4m1z-1 6iv5-d 1qjw-1 3mvi-2 6i2z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

B: THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

C: SUBSTRATE ANALOGUE

78.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

C: SUBSTRATE ANALOGUE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.630, 67.320, 137.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.76, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE / PATG 分子量: 38507.375 Da / 分子数: 2 / 断片: MACROCYCLASE DOMAIN, RESIDUES 492-851 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PROCHLORON DIDEMNI (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q52QJ1
#2: タンパク質・ペプチド	SUBSTRATE ANALOGUE 分子量: 1203.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 618 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 618 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.3 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.54
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→21.42 Å / Num. obs: 31502 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.63→2.77 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0119	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.63→21.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 16.215 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21844	1676	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19024	-	-	-
obs	0.19168	31502	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0.18 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→21.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4966	0	0	142	5108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	5073
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.253	1.978	6929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.023	3.002	8269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.063	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.853	25.924	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.505	15	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.664	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.627→2.694 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	101	-
R_work	0.281	2113	-
obs	-	-	92.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8434	1.0631	-0.3077	2.1521	0.6953	1.9153	-0.2697	0.4654	-0.3338	-0.2779	0.1165	0.2348	0.1073	-0.2889	0.1532	0.1089	-0.094	-0.0195	0.2337	-0.0564	0.1166	23.888	10.094	-23.076
2	3.1181	1.1552	-1.9858	1.2461	-1.4893	8.1205	-0.1721	0.0608	-0.7743	-0.2005	-0.0249	-0.2516	1.0222	0.3858	0.1971	0.225	-0.0486	0.0321	0.1433	-0.0605	0.221	42.583	8.358	-18.786
3	1.2237	-0.1526	-0.1681	2.7435	0.4064	2.48	-0.1055	0.13	-0.0211	0.1482	0.0654	0.0696	-0.0179	-0.0554	0.0401	0.0236	-0.0093	0.0184	0.0188	-0.0074	0.031	30.977	15.663	-7.584
4	2.9688	0.742	-0.0232	2.6927	1.272	2.4864	0.1806	0.0685	0.4586	-0.4012	0.118	-0.3969	-0.3303	0.1806	-0.2987	0.301	-0.095	0.1858	0.139	-0.0431	0.2413	67.83	17.858	-43.073
5	5.6329	-0.7837	-5.2455	7.7671	0.7832	10.1474	-0.1811	-0.5804	-0.3841	0.4862	-0.0152	-0.393	0.9581	0.4	0.1963	0.2967	-0.0924	0.0707	0.1437	-0.0269	0.1442	55.256	5.869	-36.267
6	4.4155	0.5545	-1.1096	5.5524	1.5049	4.7677	0.0795	0.1407	-0.5838	-0.1117	0.0213	-0.5681	0.7002	0.2998	-0.1008	0.4131	-0.0455	0.1504	0.2154	-0.1298	0.2389	68.059	0.981	-49.035
7	3.2823	8.1354	-0.135	28.9786	-10.6815	20.4971	0.5144	-0.3527	-0.3689	0.1547	-0.852	-0.9685	1.5497	-1.2569	0.3375	0.3993	-0.1513	0.0705	0.4039	-0.2341	0.6837	26.358	-1.929	-11.873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	515 - 650
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	658 - 697
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	698 - 851
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	515 - 642
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	643 - 712
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	713 - 850
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	4 - 12

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