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万見
- PDB-4a54: Structural basis of the Dcp1:Dcp2 mRNA decapping complex activati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a54
タイトルStructural basis of the Dcp1:Dcp2 mRNA decapping complex activation by Edc3 and Scd6
要素
  • EDC3
  • MRNA DECAPPING COMPLEX SUBUNIT 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/HYDROLASE / RNA BINDING PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / mRNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA ...: / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / mRNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / molecular condensate scaffold activity / P-body / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / manganese ion binding / single-stranded RNA binding / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Lsm16, N-terminal / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain profile. ...Lsm16, N-terminal / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain profile. / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA decapping complex subunit 2 / Enhancer of mRNA-decapping protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法溶液NMR / XPLOR
データ登録者Fromm, S.A. / Truffault, V. / Kamenz, J. / Braun, J.E. / Hoffmann, N.A. / Izaurralde, E. / Sprangers, R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: The Structural Basis of Edc3- and Scd6-Mediated Activation of the Dcp1:Dcp2 Mrna Decapping Complex.
著者: Fromm, S.A. / Truffault, V. / Kamenz, J. / Braun, J.E. / Hoffmann, N.A. / Izaurralde, E. / Sprangers, R.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EDC3
B: MRNA DECAPPING COMPLEX SUBUNIT 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9452
ポリマ－15,9452
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 50LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 EDC3 / / UNCHARACTERIZED PROTEIN C18E5.11C


分子量: 10601.993 Da / 分子数: 1 / 断片: LSM, RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O94752
#2: タンパク質 MRNA DECAPPING COMPLEX SUBUNIT 2 / DCP2


分子量: 5342.786 Da / 分子数: 1 / 断片: HLM1, RESIDUES 242-291 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O13828, 加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 125 mM / pH: 7.3 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR2.9.3SCHWIETERS CD精密化
Sparky構造決定
精密化手法: XPLOR / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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