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Yorodumi- PDB-4uv2: Structure of the curli transport lipoprotein CsgG in a non-lipida... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uv2 | ||||||
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Title | Structure of the curli transport lipoprotein CsgG in a non-lipidated, pre-pore conformation | ||||||
Components | CURLI PRODUCTION TRANSPORT COMPONENT CSGG | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / OUTER MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information curli secretion complex / curli assembly / protein secretion by the type VIII secretion system / protein transmembrane transport / single-species biofilm formation / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Goyal, P. / Krasteva, P.V. / Gerven, N.V. / Gubellini, F. / Broeck, I.V.D. / Troupiotis-Tsailaki, A. / Jonckheere, W. / Pehau-Arnaudet, G. / Pinkner, J.S. / Chapman, M.R. ...Goyal, P. / Krasteva, P.V. / Gerven, N.V. / Gubellini, F. / Broeck, I.V.D. / Troupiotis-Tsailaki, A. / Jonckheere, W. / Pehau-Arnaudet, G. / Pinkner, J.S. / Chapman, M.R. / Hultgren, S.J. / Howorka, S. / Fronzes, R. / Remaut, H. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Structural and mechanistic insights into the bacterial amyloid secretion channel CsgG. Authors: Parveen Goyal / Petya V Krasteva / Nani Van Gerven / Francesca Gubellini / Imke Van den Broeck / Anastassia Troupiotis-Tsaïlaki / Wim Jonckheere / Gérard Péhau-Arnaudet / Jerome S Pinkner ...Authors: Parveen Goyal / Petya V Krasteva / Nani Van Gerven / Francesca Gubellini / Imke Van den Broeck / Anastassia Troupiotis-Tsaïlaki / Wim Jonckheere / Gérard Péhau-Arnaudet / Jerome S Pinkner / Matthew R Chapman / Scott J Hultgren / Stefan Howorka / Rémi Fronzes / Han Remaut / Abstract: Curli are functional amyloid fibres that constitute the major protein component of the extracellular matrix in pellicle biofilms formed by Bacteroidetes and Proteobacteria (predominantly of the α ...Curli are functional amyloid fibres that constitute the major protein component of the extracellular matrix in pellicle biofilms formed by Bacteroidetes and Proteobacteria (predominantly of the α and γ classes). They provide a fitness advantage in pathogenic strains and induce a strong pro-inflammatory response during bacteraemia. Curli formation requires a dedicated protein secretion machinery comprising the outer membrane lipoprotein CsgG and two soluble accessory proteins, CsgE and CsgF. Here we report the X-ray structure of Escherichia coli CsgG in a non-lipidated, soluble form as well as in its native membrane-extracted conformation. CsgG forms an oligomeric transport complex composed of nine anticodon-binding-domain-like units that give rise to a 36-stranded β-barrel that traverses the bilayer and is connected to a cage-like vestibule in the periplasm. The transmembrane and periplasmic domains are separated by a 0.9-nm channel constriction composed of three stacked concentric phenylalanine, asparagine and tyrosine rings that may guide the extended polypeptide substrate through the secretion pore. The specificity factor CsgE forms a nonameric adaptor that binds and closes off the periplasmic face of the secretion channel, creating a 24,000 Å(3) pre-constriction chamber. Our structural, functional and electrophysiological analyses imply that CsgG is an ungated, non-selective protein secretion channel that is expected to employ a diffusion-based, entropy-driven transport mechanism. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uv2.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uv2.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uv2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/4uv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/4uv2 | HTTPS FTP |
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-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 29175.193 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: NON-LIPIDATED, SOLUBLE FORM Source: (gene. exp.) ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (bacteria) Plasmid: PASK-IBA2 / Production host: ESCHERICHIA COLI B (bacteria) / Strain (production host): B834 / Variant (production host): DE3 / References: UniProt: P0AEA2 Sequence details | MATURE CSGG, NON-LIPIDATED C1S MUTANT | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.2 Details: 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.2, 8% PEG 4000, 100 MM SODIUM MALONATE PH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: May 5, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→30 Å / Num. obs: 112419 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 46.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.82 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 2.8→29.765 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 2.12 / Phase error: 23.79 / Stereochemistry target values: MLHL Details: DISORDERED SIDECHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY AND ARE INDICATED BY A 0 OCCUPANCY
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→29.765 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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