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万見
- PDB-3zoo: Structure of the Y46F mutant of human cytochrome c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zoo
タイトルStructure of the Y46F mutant of human cytochrome c
要素CYTOCHROME Cシトクロムc
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / RESPIRATION / APOPTOSIS (アポトーシス) / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 細胞呼吸 ...Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / respirasome / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ミトコンドリア / Cytoprotection by HMOX1 / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / シトクロムc / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / リン酸塩 / シトクロムc
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Rajagopal, B.S. / Worrall, J.A.R. / Hough, M.A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: The Hydrogen Peroxide Induced Radical Behaviour in Human Cytochrome C Phospholipid Complexes: Implications for the Enhanced Pro-Apoptotic Activity of the G41S Mutant
著者: Rajagopal, B.S. / Edzuma, A.N. / Hough, M.A. / Blundell, K.L.I.M. / Kagan, V.E. / Kapralov, A.A. / Fraser, L.A. / Butt, J.N. / Silkstone, G.G. / Wilson, M.T. / Svistunenko, D.A. / Worrall, J.A.R.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C
B: CYTOCHROME C
C: CYTOCHROME C
D: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,16210
ポリマ－46,4984
非ポリマー2,6646
水7,512417
1
A: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4334
ポリマ－11,6251
非ポリマー8083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2432
ポリマ－11,6251
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2432
ポリマ－11,6251
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2432
ポリマ－11,6251
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.367, 53.952, 58.950
Angle α, β, γ (deg.)76.55, 88.73, 71.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME C / シトクロムc


分子量: 11624.582 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P99999
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 26-31% (W/V) PEG 1000, 40 MM KH2PO4 PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30.6 Å / Num. obs: 86068 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 86.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NWV

3nwv


解像度: 1.35→30.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.408 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17935 4338 5 %RANDOM
Rwork0.13821 ---
obs0.14035 81707 94.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å21.24 Å2-1.43 Å2
2---0.13 Å2-0.16 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3260 0 182 417 3859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.992.0364920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27937991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1775453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56925.113133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42915656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.404158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.024135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.02823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.00137062
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.699592
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.95157277
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 233 -
Rwork0.223 5170 -
obs--80.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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