[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3zhr: Crystal structure of the H747A mutant of the SucA domain of Mycob... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zhr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the H747A mutant of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD showing the active site lid closed | ||||||
![]() | MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wagner, T. / Barilone, N. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Dual Conformation of the Post-Decarboxylation Intermediate is Associated with Distinct Enzyme States in Mycobacterial Alpha-Ketoglutarate Decarboxylase (Kgd). Authors: Wagner, T. / Barilone, N. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3zhqC ![]() 3zhsC ![]() 3zhtC ![]() 3zhuC ![]() 3zhvC ![]() 2yicS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
|
-
Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 97099.586 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: SUCA-LIKE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 361-1227 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0R2B1, ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 1191 molecules ![](data/chem/img/TPP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-TPP / ![]() #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Details
Sequence details | N-TER FIRST GLYCINE RESIDUE IS A PURIFICATI |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.9 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow![]() | pH: 7.6 / Details: 52% MPD, 20 MM NA ACETATE, pH 7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2011 / Details: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(111) CHANNEL-CUT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→48.75 Å / Num. obs: 221700 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 92.1 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 2YIC Resolution: 2.1→30.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9421 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9309 / SU R Cruickshank DPI: 0.184 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.148 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=26667. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=26667. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=8.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.93 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.263 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→30.75 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|