PDB-3ze7: 3D structure of the Ni-Fe-Se hydrogenase from D. vulgaris Hildenb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ze7

タイトル

3D structure of the Ni-Fe-Se hydrogenase from D. vulgaris Hildenborough in the reduced state at 1.95 Angstroms

要素

(PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HYDROGENASE BIOHYDROGEN OXYGEN TOLERANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

シトクロムc3ヒドロゲナーゼ /

フェレドキシンヒドロゲナーゼ /

cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex /

ferredoxin hydrogenase complex /

ferredoxin hydrogenase activity /

嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Marques, M.C. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.

引用

ジャーナル: Int.J.Hydrogen Energy / 年: 2013
タイトル: Redox State-Dependent Changes in the Crystal Structure of [Nifese] Hydrogenase from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough
著者: Marques, M.C. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.

履歴

登録	2012年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
改定 1.2	2014年11月5日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
改定 1.3	2019年5月15日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ze7.cif.gz	316.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ze7.ent.gz	254.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ze7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ze6C 3ze8C 3ze9C 3zeaC 2wpnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6rtp-d 6z8m-d 6z9g-4 6z7r-2 6z9g-1 6z8o-1 3zea-d 5jsh-d 5jsu-d 6z9o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (20) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (20)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, SMALL SUBUNIT

B: PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, LARGE SUBUNIT, SELENOCYSTEINE-CONTAINING

ヘテロ分子

85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.297, 96.987, 103.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, SMALL SUBUNIT 分子量: 30261.568 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 35-317 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CYSTEINE B 75 IS OXIDIZED TO CYSTEINE SULFINIC ACID / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH 参照: UniProt: Q72AS4, フェレドキシンヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質	PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, LARGE SUBUNIT, SELENOCYSTEINE-CONTAINING 分子量: 53399.059 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 12-495 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CYSTEINE B 75 IS OXIDIZED TO CYSTEINE SULFINIC ACID / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH 参照: UniProt: Q72AS3, フェレドキシンヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 6種, 741分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O
#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素 / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	S-OXY CYSTEINE (OCS): CYSTEINE SULFINIC ACID CYS-SO2
配列の詳細	SIGNAL PEPTIDE CLEAVED OFF MATURE PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 20C BY MIXING 1.5 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 1500, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 AND AN ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 20C BY MIXING 1.5 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 1500, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 AND AN EQUAL VOLUME OF A SOLUTION COMPOSED OF 10 MG/ML OF PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL BUFFER AT PH 7.6.

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 20C BY MIXING 1.5 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 1500, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 AND AN ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45.8 Å / Num. obs: 53472 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPN

2wpn

解像度: 1.95→45.779 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 17.23 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL INCLUDED ANOMALOUS DIFFERENCES

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1902	5092	5 %
R_work	0.1527	-	-
obs	0.1546	53459	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.385 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6932 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.9526 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.6458 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.779 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5818	0	34	734	6586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6071
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.146	8228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.374	2251
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	896
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1067

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9501-1.9723	0.2466	143	0.2365	2649	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9723-1.9955	0.2508	196	0.21	3237	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9955-2.0198	0.2602	143	0.1974	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0198-2.0454	0.22	190	0.1977	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0454-2.0723	0.2307	164	0.1964	3267	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0723-2.1007	0.2205	152	0.1989	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1007-2.1307	0.2591	150	0.1853	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1307-2.1625	0.2488	180	0.1756	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1625-2.1963	0.1958	145	0.1847	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1963-2.2323	0.2422	181	0.1852	3171	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2323-2.2708	0.2507	202	0.1934	3159	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2708-2.3121	0.2027	181	0.164	3228	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3121-2.3566	0.2202	170	0.1579	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3566-2.4047	0.2182	177	0.1577	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4047-2.4569	0.2068	177	0.1524	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4569-2.5141	0.2128	154	0.1522	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5141-2.577	0.2068	170	0.1517	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.577-2.6466	0.227	167	0.1528	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6466-2.7245	0.1903	174	0.1467	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7245-2.8124	0.1907	153	0.14	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8124-2.9129	0.1869	166	0.1407	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9129-3.0295	0.1655	163	0.1379	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0295-3.1674	0.1686	179	0.1397	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1674-3.3343	0.1675	178	0.1323	3243	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3343-3.5432	0.1508	187	0.1344	3208	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5432-3.8166	0.1433	204	0.1267	3197	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8166-4.2005	0.1341	137	0.1145	3261	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2005-4.8077	0.136	178	0.1033	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8077-6.055	0.1607	186	0.1396	3234	X-RAY DIFFRACTION	100
6.055-45.7915	0.1965	145	0.1637	3236	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6015	-0.0085	-0.0147	0.1868	-0.0703	0.0252	-0.0497	-0.1515	0.0501	0.1243	0.029	0.0099	-0.0088	0.0271	0.0058	0.1188	0.0034	-0.0157	0.1116	-0.0099	0.0691	-12.8011	-21.5469	37.4661
2	0.9373	0.426	-0.5976	1.7242	-1.4801	2.9401	0.0048	-0.1481	-0.0341	0.081	0.0029	-0.1905	-0.045	0.2356	0.0457	0.0603	0.015	-0.0172	0.1001	-0.0059	0.103	1.1097	-29.9953	38.2794
3	0.6318	-0.0857	0.1508	0.3319	-0.0872	0.3518	-0.0599	-0.0317	-0.0513	0.0013	-0.0027	-0.0527	0.0376	0.0433	0.0481	0.0816	0.0079	0.008	0.0692	0.0105	0.0936	-12.2234	-37.711	28.9266
4	0.5236	-0.1132	-0.0499	0.552	-0.0688	0.2494	-0.0407	-0.1437	-0.0409	0.1357	0.0612	0.1291	0.0098	-0.031	-0.0203	0.0876	0.0013	0.0255	0.0915	0.0029	0.0636	-34.0787	-29.8739	38.38
5	0.6657	1.6827	1.9609	4.253	4.9566	5.7765	-0.0554	-0.1477	0.0399	-0.1466	0.0149	-0.0413	-0.0415	0.1868	0.0592	0.1456	-0.0024	0.0548	0.1424	0.006	0.2142	-45.9952	-28.8055	35.1626
6	4.903	6.3387	1.6193	8.2153	2.0465	0.6422	0.115	-0.0271	0.152	-0.111	-0.0692	-0.0142	0.1355	-0.0523	-0.0226	0.1509	0.0046	0.026	0.1538	-0.0094	0.1283	-34.5956	-27.1987	34.121
7	1.0225	1.4736	-1.2222	4.1501	-4.0956	4.1497	-0.018	-0.0208	0.0178	0.0523	0.0411	-0.028	0.1287	-0.0102	-0.0586	0.1421	0.0062	0.0162	0.1296	0.0051	0.1124	-23.0249	-28.5452	28.6736
8	1.2763	0.3962	-0.4866	0.9441	-0.2163	1.0768	-0.0792	0.046	-0.1083	-0.0357	0.0221	-0.1513	0.0865	0.1054	0.04	0.07	0.0048	0.0124	0.0894	-0.0062	0.0972	1.859	-21.1242	16.8181
9	0.2353	0.0148	-0.1008	0.3777	-0.0035	0.1659	-0.0053	-0.0216	0.0029	0.034	0.0061	0.0287	0.002	0.0077	-0.0027	0.076	0.0028	-0.0001	0.0611	-0.0074	0.0545	-23.0278	-18.4753	21.9264
10	0.4826	0.1097	-0.0688	0.2337	-0.0221	0.2383	0.0112	-0.0515	0.0705	0.0604	0.0036	0.0085	-0.0438	-0.0142	-0.0149	0.0864	0.0072	0.0003	0.0547	-0.0185	0.0793	-20.098	-6.2763	27.0634
11	0.4269	-0.1273	0.0641	0.8466	-0.0981	0.4483	-0.0028	0.0949	-0.0522	-0.1732	0.0086	0.0236	0.0596	-0.0377	0.0151	0.0966	0.0054	-0.0058	0.1125	-0.0126	0.042	-19.1129	-20.5881	3.0043
12	0.3531	-0.0073	-0.0697	0.3175	-0.0815	0.1591	0.0089	0.0297	0.0409	-0.0433	-0.0103	-0.0169	-0.0182	-0.0077	0.0022	0.0743	-0.005	0.001	0.0717	-0.0098	0.0739	-17.2375	-12.207	13.4498
13	4.8074	-5.2737	2.7193	6.4552	-4.7092	6.005	0.0117	-0.1443	-0.196	0.1241	0.1542	0.1379	0.0508	-0.1804	-0.164	0.0898	0.0039	-0.0022	0.1287	-0.0145	0.1712	-19.8044	-18.5519	18.6665

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 7:54)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 55:71)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 72:149)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 150:283)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 284)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 285)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 286)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 15:46)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 47:144)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 145:255)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 256:308)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 309:495)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 500:501)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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