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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zcf | ||||||
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タイトル | Structure of recombinant human cytochrome c | ||||||
![]() | CYTOCHROME C![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Formation of apoptosome / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rajagopal, B.S. / Worrall, J.A.R. / Hough, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Hydrogen Peroxide Induced Radical Behaviour in Human Cytochrome C Phospholipid Complexes: Implications for the Enhanced Pro-Apoptotic Activity of the G41S Mutant 著者: Rajagopal, B.S. / Edzuma, A.N. / Hough, M.A. / Blundell, K.L.I.M. / Kagan, V.E. / Kapralov, A.A. / Fraser, L.A. / Butt, J.N. / Silkstone, G.G. / Wilson, M.T. / Svistunenko, D.A. / Worrall, J.A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 11640.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEC / ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 非ポリマーの詳細 | PROTOPORPH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 % / 解説: NONE |
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結晶化![]() | pH: 7 詳細: 26 TO 31 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1000 AND 40 MM KH2PO4, PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.65→57.27 Å / Num. obs: 46913 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 100 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 83.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3NWV 解像度: 1.65→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.205 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.933 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→49.9 Å
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拘束条件 |
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