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- PDB-3wky: Crystal structure of hemolymph type prophenoloxidase (proPOb) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wky
タイトルCrystal structure of hemolymph type prophenoloxidase (proPOb) from crustacean
要素Prophenoloxidase b
キーワードOXIDOREDUCTASE ACTIVATOR / type 3 copper protein / phenoloxidase / tyrosinase (モノフェノールモノオキシゲナーゼ) / hydroxydation / monophenols / oxidation (酸化還元反応) / o-diphenols / plasma
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin, N-terminal domain / Hemocyanin, C-terminal domain / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal ...Hemocyanin, N-terminal domain / Hemocyanin, C-terminal domain / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Hemocyanin, N-terminal domain / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CU2-O2 CLUSTER / Prophenoloxidase b
類似検索 - 構成要素
生物種Marsupenaeus japonicus (クルマエビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Masuda, T. / Mikami, B.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of a crustacean prophenoloxidase provides a clue to understanding the functionality of the type 3 copper proteins.
著者: Masuda, T. / Momoji, K. / Hirata, T. / Mikami, B.
履歴
登録2013年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prophenoloxidase b
B: Prophenoloxidase b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,95932
ポリマ－157,7972
非ポリマー4,16230
水21,2041177
1
A: Prophenoloxidase b
B: Prophenoloxidase b
ヘテロ分子

A: Prophenoloxidase b
B: Prophenoloxidase b
ヘテロ分子

A: Prophenoloxidase b
B: Prophenoloxidase b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,87896
ポリマ－473,3916
非ポリマー12,48790
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area48780 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area145870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.706, 156.706, 283.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prophenoloxidase b


分子量: 78898.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marsupenaeus japonicus (クルマエビ) / Secretion: hemolymph plasma / 参照: UniProt: G5EKM4

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糖 , 2種, 12分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 1195分子

#4: 化合物 ChemComp-CUO / CU2-O2 CLUSTER / CU-O2-CU LINKAGE


分子量: 159.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT THE STRUCTURAL FACTOR AND REFINED STRUCTURE CLEARLY SUGGESTED THAT THIS ...THE AUTHOR STATES THAT THE STRUCTURAL FACTOR AND REFINED STRUCTURE CLEARLY SUGGESTED THAT THIS POSITION IS DEFINITELY ARG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1M Sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5% Jeffamine ED-2001 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月24日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 240286 / Num. obs: 239565 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.8630.4772.46198.4
1.86-1.943.30.3793.68199.7
1.94-2.033.40.2745.34199.8
2.03-2.133.40.1857.92199.9
2.13-2.273.40.13211.3199.9
2.27-2.443.40.09815.31100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→34.806 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1955 11998 5.01 %
Rwork0.1747 --
obs0.1757 239452 99.59 %
all-239565 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→34.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10649 0 247 1177 12073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10816498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2584666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052142
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8009-1.82140.27413530.26127204X-RAY DIFFRACTION94
1.8214-1.84280.28973660.25077554X-RAY DIFFRACTION99
1.8428-1.86530.25984120.24447490X-RAY DIFFRACTION99
1.8653-1.88890.26693900.23067592X-RAY DIFFRACTION100
1.8889-1.91370.24843820.22187588X-RAY DIFFRACTION100
1.9137-1.93990.25764110.22257602X-RAY DIFFRACTION100
1.9399-1.96760.23734340.21957520X-RAY DIFFRACTION100
1.9676-1.9970.21113880.2057594X-RAY DIFFRACTION100
1.997-2.02820.2583880.20257613X-RAY DIFFRACTION100
2.0282-2.06150.23334020.19657658X-RAY DIFFRACTION100
2.0615-2.0970.21184140.19287498X-RAY DIFFRACTION100
2.097-2.13510.21963770.18887661X-RAY DIFFRACTION100
2.1351-2.17620.2053870.18467671X-RAY DIFFRACTION100
2.1762-2.22060.2084190.187606X-RAY DIFFRACTION100
2.2206-2.26890.20514040.18287551X-RAY DIFFRACTION100
2.2689-2.32160.2024050.1787601X-RAY DIFFRACTION100
2.3216-2.37970.20434130.17997648X-RAY DIFFRACTION100
2.3797-2.4440.19814360.17957552X-RAY DIFFRACTION100
2.444-2.51590.19174500.16897576X-RAY DIFFRACTION100
2.5159-2.59710.20953980.17277574X-RAY DIFFRACTION100
2.5971-2.68990.18974340.17887619X-RAY DIFFRACTION100
2.6899-2.79750.18474090.17077656X-RAY DIFFRACTION100
2.7975-2.92480.19573880.17877571X-RAY DIFFRACTION100
2.9248-3.07890.19753910.17957593X-RAY DIFFRACTION100
3.0789-3.27170.20133840.17877683X-RAY DIFFRACTION100
3.2717-3.52410.17954080.1597589X-RAY DIFFRACTION100
3.5241-3.87830.1633580.14367614X-RAY DIFFRACTION100
3.8783-4.43850.14983860.13677638X-RAY DIFFRACTION100
4.4385-5.58830.15293850.13777640X-RAY DIFFRACTION100
5.5883-34.81290.19394260.18267498X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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