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- PDB-3wf3: Crystal structure of human beta-galactosidase mutant I51T in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wf3
タイトルCrystal structure of human beta-galactosidase mutant I51T in complex with Galactose
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSYL HYDROLASE (グリコシダーゼ) / TIM-BARREL DOMAIN (TIMバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


MPS IV - Morquio syndrome B / response to cortisone / keratan sulfate catabolic process / response to Thyroglobulin triiodothyronine / Defective NEU1 causes sialidosis / Keratan sulfate degradation / galactose catabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / Sialic acid metabolism / HS-GAG degradation ...MPS IV - Morquio syndrome B / response to cortisone / keratan sulfate catabolic process / response to Thyroglobulin triiodothyronine / Defective NEU1 causes sialidosis / Keratan sulfate degradation / galactose catabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / Sialic acid metabolism / HS-GAG degradation / galactoside binding / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / beta-galactosidase / 液胞 / beta-galactosidase activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / carbohydrate metabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Beta-galactosidase, first all-beta domain / Beta-galactosidase 1-like / : / Beta-galactosidase, galactose-binding domain / Beta-galactosidase second all-beta domain / Glycoside hydrolase, family 35, conserved site / Glycosyl hydrolases family 35 putative active site. / Glycoside hydrolase 35, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 35 ...: / Beta-galactosidase, first all-beta domain / Beta-galactosidase 1-like / : / Beta-galactosidase, galactose-binding domain / Beta-galactosidase second all-beta domain / Glycoside hydrolase, family 35, conserved site / Glycosyl hydrolases family 35 putative active site. / Glycoside hydrolase 35, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 35 / Glycoside hydrolase, family 35 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Suzuki, H. / Ohto, U. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural basis of pharmacological chaperoning for human beta-galactosidase
著者: Suzuki, H. / Ohto, U. / Higaki, K. / Mena-Barragan, T. / Aguilar-Moncayo, M. / Ortiz Mellet, C. / Nanba, E. / Garcia Fernandez, J.M. / Suzuki, Y. / Shimizu, T.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,09244
ポリマ－306,4254
非ポリマー5,66740
水25,7251428
1
A: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,04622
ポリマ－153,2132
非ポリマー2,83320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area44700 Å2
手法PISA
2
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,04622
ポリマ－153,2132
非ポリマー2,83320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area44600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.960, 115.888, 140.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-galactosidase / / Acid beta-galactosidase / Lactase / Elastin receptor 1


分子量: 76606.297 Da / 分子数: 4 / 変異: I51T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELNR1, GLB1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P16278, beta-galactosidase

-
糖 , 2種, 20分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス / ガラクトース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1448分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Ammonium sulfate, HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sittingdrop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 160267 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3THC

3thc


解像度: 2.15→27.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.538 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2419 7765 4.9 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.1978 158881 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.95 Å2 / Biso mean: 29.4081 Å2 / Biso min: 13.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→27.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19202 0 348 1428 20978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01920234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.97327606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3453.00142857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.15452410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64223.805912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.301153077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0921596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02122684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024760
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 562 -
Rwork0.231 11376 -
all-11938 -
obs--98.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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