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万見
- PDB-3we2: Structure of BLM RQC domain bound to a phosphate ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3we2
タイトルStructure of BLM RQC domain bound to a phosphate ion
要素Bloom syndrome protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Winged-Helix / DNA helicase (ヘリカーゼ) / DNA binding (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated DNA replication / RecQ family helicase-topoisomerase III complex / telomeric G-quadruplex DNA binding / resolution of DNA recombination intermediates / forked DNA-dependent helicase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / DNA/DNA annealing activity / telomeric D-loop binding / telomere maintenance via semi-conservative replication / cellular response to camptothecin ...regulation of DNA-templated DNA replication / RecQ family helicase-topoisomerase III complex / telomeric G-quadruplex DNA binding / resolution of DNA recombination intermediates / forked DNA-dependent helicase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / DNA/DNA annealing activity / telomeric D-loop binding / telomere maintenance via semi-conservative replication / cellular response to camptothecin / G-quadruplex DNA unwinding / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / DNA double-strand break processing / Y-form DNA binding / negative regulation of cell division / DNA 3'-5' helicase / four-way junction helicase activity / G-quadruplex DNA binding / cellular response to hydroxyurea / lateral element / negative regulation of DNA recombination / bubble DNA binding / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / 3'-5' DNA helicase activity / DNA duplex unwinding / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / nuclear chromosome / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / four-way junction DNA binding / DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA複製 / molecular function activator activity / cellular response to ionizing radiation / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / protein homooligomerization / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / 遺伝的組換え / nuclear matrix / p53 binding / single-stranded DNA binding / protein complex oligomerization / 染色体 / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA複製 / DNA修復 / DNA damage response / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / RQC domain / RQC / RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain ...RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / RQC domain / RQC / RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / HRDC domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / リン酸塩 / RecQ-like DNA helicase BLM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kim, S.Y. / Hakoshima, T. / Kitano, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2013
タイトル: Structure of the RecQ C-terminal Domain of Human Bloom Syndrome Protein
著者: Kim, S.Y. / Hakoshima, T. / Kitano, K.
履歴
登録2013年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bloom syndrome protein
B: Bloom syndrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7454
ポリマ－32,5912
非ポリマー1542
水362
1
A: Bloom syndrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4503
ポリマ－16,2961
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bloom syndrome protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2961
ポリマ－16,2961
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.218, 59.218, 210.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Bloom syndrome protein / / BLM / DNA helicase / RecQ-like type 2 / RecQ2 / RecQ protein-like 3


分子量: 16295.717 Da / 分子数: 2
断片: RecQ C-terminal (RQC) domain, UNP residues 1068-1209
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLM / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus RIL / 参照: UniProt: P54132, ヘリカーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.8356.48
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.4
詳細: 20-25% PEG 4000, 50mM sodium phosphate, 150mM sodium acetate, 100mM Tris-HCl, 15%(v/v) glycerol, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2902
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL44XU20.9788, 0.9791, 0.9948
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX225HE1CCD2010年10月20日
RAYONIX MX225HE2CCD2010年10月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.97881
30.97911
40.99481
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 10768 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.271 541 Random
Rwork0.237 --
obs-10768 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 9 2 1839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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