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- PDB-3vvn: Crystal structure of MATE in the straight conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vvn
タイトルCrystal structure of MATE in the straight conformation
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / MATE / multidrug transporter
機能・相同性: / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / 細胞膜 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MATE family efflux transporter
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.
著者: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O.
履歴
登録2012年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,55513
ポリマ－49,2761
非ポリマー4,27812
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.889, 60.100, 68.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Archaeal-type transporter


分子量: 49276.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
株: JCM 8422 / 遺伝子: PF0708 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 % / Mosaicity: 0.406 °
結晶化温度: 293 K / 手法: lipdic cubic phase / pH: 6.5
詳細: 32% PEG 400, 50mM MES-NaOH, 20mM CaCl2, 100mM NaSCN, pH 6.5, lipdic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.979, 0.900, 0.910
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.91
30.911
反射解像度: 2.398→50 Å / Num. all: 24440 / Num. obs: 24440 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 0.897 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.443.70.3711740.482194.7
2.44-2.494.10.36711920.47198.8
2.49-2.534.30.36412420.513197.9
2.53-2.594.50.33412040.538198.9
2.59-2.644.60.34712100.554198.5
2.64-2.74.80.31112460.582199
2.7-2.7750.29312280.616199.7
2.77-2.8550.2812300.669199.3
2.85-2.935.20.25412200.665199.5
2.93-3.025.30.23712470.749199.6
3.02-3.135.40.20612280.789199.2
3.13-3.265.60.19112440.841100
3.26-3.415.70.16412300.926199.7
3.41-3.5860.13512341.006199.5
3.58-3.816.20.1112631.056199.8
3.81-4.16.30.08612301.19199.7
4.1-4.526.10.07611551.499192.1
4.52-5.176.20.07111031.408187.3
5.17-6.516.40.08612671.146199.9
6.51-506.70.04312931.216199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.398→43.331 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.859 / SU ML: 0.67 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1990 8.15 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
all0.209 24429 --
obs0.209 24429 97.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.036 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 121.91 Å2 / Biso mean: 37.8429 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5636 Å2-0 Å25.7831 Å2
2--0.6044 Å20 Å2
3----4.168 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.398→43.331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3292 0 136 30 3458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7534658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8331247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3975-2.45750.33831370.27211501163892
2.4575-2.52390.29931420.25421605174798
2.5239-2.59820.27281450.2381597174299
2.5982-2.6820.25231380.21661584172299
2.682-2.77790.23131410.20271623176499
2.7779-2.88910.23591470.19861617176499
2.8891-3.02050.22231410.185216301771100
3.0205-3.17970.20831430.17951622176599
3.1797-3.37890.22821490.182316331782100
3.3789-3.63960.21861450.17721629177499
3.6396-4.00570.21571450.191216561801100
4.0057-4.58470.22641280.19621439156788
4.5847-5.77410.23841440.22081602174697
5.7741-43.33840.23891450.22681701184699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33960.03690.53641.79580.12350.8657-0.01860.0167-0.0233-0.0802-0.0242-0.0527-0.07810.08810.02560.15670.0103-0.0116-0.03870.01030.0844-36.93893.1798-27.5872
22.1074-0.636-0.74281.48290.34451.359-0.03320.0168-0.05510.0709-0.0398-0.26810.03740.25460.06160.0878-0.0229-0.01640.09590.04050.1317-19.0942-5.5816-16.5164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 4:235)A4 - 235
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 236:454)A236 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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