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- PDB-3vpb: ArgX from Sulfolobus tokodaii complexed with LysW/Glu/ADP/Mg/Zn/S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vpb
タイトルArgX from Sulfolobus tokodaii complexed with LysW/Glu/ADP/Mg/Zn/Sulfate
要素
  • Alpha-aminoadipate carrier protein lysW
  • Putative acetylornithine deacetylaseアセチルオルニチンデアセチラーゼ
キーワードLIGASE (リガーゼ) / ATP-dependent amine/thiol ligase family / ATP-dependent amine/thiol ligase / LysW / Enzyme-Carrier protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine biosynthetic process / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / arginine biosynthetic process / ligase activity / protein modification process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #160 / Lysine biosynthesis protein LysW / Lysine biosynthesis enzyme LysX / Ribosomal S6 modification enzyme RimK/Lysine biosynthesis enzyme LysX / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / Rubrerythrin, domain 2 / ATP-grasp fold, B domain ...Rubrerythrin, domain 2 - #160 / Lysine biosynthesis protein LysW / Lysine biosynthesis enzyme LysX / Ribosomal S6 modification enzyme RimK/Lysine biosynthesis enzyme LysX / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / Rubrerythrin, domain 2 / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Single Sheet / Dna Ligase; domain 1 / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グルタミン酸 / Glutamate--LysW ligase ArgX / Alpha-aminoadipate/glutamate carrier protein LysW
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tomita, T. / Ouchi, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Lysine and arginine biosyntheses mediated by a common carrier protein in Sulfolobus
著者: Ouchi, T. / Tomita, T. / Horie, A. / Yoshida, A. / Takahashi, K. / Nishida, H. / Lassak, K. / Taka, H. / Mineki, R. / Fujimura, T. / Kosono, S. / Nishiyama, C. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / ...著者: Ouchi, T. / Tomita, T. / Horie, A. / Yoshida, A. / Takahashi, K. / Nishida, H. / Lassak, K. / Taka, H. / Mineki, R. / Fujimura, T. / Kosono, S. / Nishiyama, C. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / Albers, S.V. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetylornithine deacetylase
B: Putative acetylornithine deacetylase
C: Putative acetylornithine deacetylase
D: Putative acetylornithine deacetylase
E: Alpha-aminoadipate carrier protein lysW
F: Alpha-aminoadipate carrier protein lysW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,74028
ポリマ－138,5076
非ポリマー3,23322
水18,7361040
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22440 Å2
ΔGint-332 kcal/mol
Surface area42610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.546, 113.988, 78.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Putative acetylornithine deacetylase / アセチルオルニチンデアセチラーゼ


分子量: 31572.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: DSM 16993, JCM 10545, NBRC 100140, 7 / 遺伝子: argE, STK_15050 / プラスミド: pET-26b(+), pET-StArgX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus(DE3)
参照: UniProt: Q970U6, アセチルオルニチンデアセチラーゼ
#2: タンパク質 Alpha-aminoadipate carrier protein lysW / AAA carrier protein lysW


分子量: 6108.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: DSM 16993, JCM 10545, NBRC 100140, 7 / 遺伝子: lysW, STK_01925, STS023 / プラスミド: pET-26b(+), pET-StLysW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q976J8

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非ポリマー , 6種, 1062分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1040 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 13% PEG-MME 5000, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M MES-NaOH (pH6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月9日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 106366 / Num. obs: 106366 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UC8

1uc8


解像度: 1.8→28.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.958 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23505 5608 5 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.18931 106366 99.67 %-
all-106366 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.167 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9709 0 186 1040 10935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02210158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.99213830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.67551260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64124.758454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.665151787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6951562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7921.56224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.499210116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43333934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0594.53699
LS精密化 シェル解像度: 1.798→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 415 -
Rwork0.275 7735 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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