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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vna | ||||||
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タイトル | Structural insights into small RNA sorting and mRNA binding by Arabidopsis Ago Mid domains | ||||||
要素 | Protein argonaute 1 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / 5'-nucleotide small RNA binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adaxial/abaxial pattern specification / adventitious root development / auxin metabolic process / leaf morphogenesis / leaf proximal/distal pattern formation / RNAi-mediated antiviral immune response / leaf vascular tissue pattern formation / response to far red light / RNA干渉 / response to auxin ...adaxial/abaxial pattern specification / adventitious root development / auxin metabolic process / leaf morphogenesis / leaf proximal/distal pattern formation / RNAi-mediated antiviral immune response / leaf vascular tissue pattern formation / response to far red light / RNA干渉 / response to auxin / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA binding / miRNA binding / RNA endonuclease activity / regulation of translation / defense response to virus / single-stranded RNA binding / 細胞分化 / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / mRNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Yuan, Y.A. / Zha, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012 タイトル: Structural insights into small RNA sorting and mRNA target binding by Arabidopsis Argonaute Mid domains 著者: Zha, X. / Xia, Q. / Yuan, Y.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vna.cif.gz | 72.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vna.ent.gz | 53.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vna.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/3vna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/3vna | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17411.287 Da / 分子数: 1 / 断片: Mid domain, UNP residues 592-739 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O04379 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Ammonium sulfate, Citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: 180 degree / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 10308 / Num. obs: 10112 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.383 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.293 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.998→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.566 Å / Origin y: 4.757 Å / Origin z: 9.7927 Å
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