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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3veh | ||||||
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タイトル | Structure of a M. tuberculosis salicylate synthase, MbtI, in complex with an inhibitor methylAMT | ||||||
要素 | Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI | ||||||
キーワード | lyase (リアーゼ) / isomerase (異性化酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / salicylate synthase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / イソコリスミ酸シンターゼ / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity ...isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / イソコリスミ酸シンターゼ / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity / response to host immune response / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bulloch, E.M. / Chi, G. / Manos-Turvey, A. / Johnston, J.M. / Baker, E.N. / Payne, R.J. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Implications of binding mode and active site flexibility for inhibitor potency against the salicylate synthase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Chi, G. / Manos-Turvey, A. / O'Connor, P.D. / Johnston, J.M. / Evans, G.L. / Baker, E.N. / Payne, R.J. / Lott, J.S. / Bulloch, E.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3veh.cif.gz | 358.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3veh.ent.gz | 293.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3veh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/3veh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/3veh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 48827.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mbtI, trpE2, Rv2386c, MT2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7D785, UniProt: P9WFX1*PLUS, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離, イソコリスミ酸シンターゼ |
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-非ポリマー , 6種, 996分子
#2: 化合物 | ChemComp-0GA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 8 詳細: 15% PEG 4000, 0.2 M potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9543 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9543 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 127664 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.134 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Rsym value: 0.594 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.144 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→47.34 Å
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拘束条件 |
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