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- PDB-3uw2: X-ray Crystal Structure of Phosphoglucomutase/phosphomannomutase ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uw2 | ||||||
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Title | X-ray Crystal Structure of Phosphoglucomutase/phosphomannomutase family protein (BTH_I1489)from Burkholderia thailandensis | ||||||
![]() | Phosphoglucomutase/phosphomannomutase family protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 192.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 157.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3d63C ![]() 3dahC ![]() 3eizC ![]() 3ej2C ![]() 3ek2C ![]() 3ezoC ![]() 3f0fC ![]() 3ftpC ![]() 3gk0C ![]() 3gk3C ![]() 3gvfC ![]() 3gwaC ![]() 3gweC ![]() 3imlC ![]() 3sz8C ![]() 3t4cC ![]() 3tmlC ![]() 3tmqC ![]() 3txyC ![]() 3u7jC ![]() 3ue9C ![]() 3uk1C ![]() 3uk2C ![]() 3undC ![]() 3uptC ![]() 3urrC ![]() 3uw1C ![]() 3uw3C ![]() 3v2iC ![]() 3v7nC ![]() 3v8hC ![]() 3v9oC ![]() 3v9pC ![]() 3vavC ![]() 4ddoC ![]() 4dfeC ![]() 4dheC ![]() 4dhkC ![]() 4dutC ![]() 4dz4C ![]() 4e4tC ![]() 4efiC ![]() 4eg0C ![]() 4egjC ![]() 4ek2C ![]() 4eqyC ![]() 4ewgC ![]() 4exqC ![]() 4f2gC ![]() 4f32C ![]() 4f3nC ![]() 4f3yC ![]() 4f4hC ![]() 4f7dC ![]() 4fk8C ![]() 4fryC ![]() 4g1kC ![]() 4g67C ![]() 4ghkC ![]() 4h3yC ![]() 4h3zC ![]() 4h4gC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 52376.254 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Phosphoglucomutase Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 341 molecules ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PO4 / ![]() | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ChemComp-ZN / | #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.32 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: JCSG+ Well B9: 0.1 M Citric Acid pH 4.0, 20% PEG 6000. ButhA.01370.a.A1 PS01178 CR_24 Peak2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 28, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→61.04 Å / Num. obs: 39125 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.51 Å2 / Biso mean: 41.737 Å2 / Biso min: 13.68 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→61.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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