PDB-3uqf: c-SRC kinase domain in complex with BKI RM-1-89

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uqf

タイトル

c-SRC kinase domain in complex with BKI RM-1-89

要素

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR /

tyrosine protein kinase (プロテインチロシンキナーゼ) / ATP-binding /

kinase domain (キナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome /

Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome /

Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / DCC mediated attractive signaling / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway /

connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway /

bone resorption /

extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway /

non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway /

細胞結合 /

protein phosphatase binding /

protein tyrosine kinase activity /

ミトコンドリア内膜 /

細胞分化 /

細胞骨格 / endosome membrane /

細胞接着 /

regulation of cell cycle /

細胞周期 /

リン酸化 /

signaling receptor binding /

focal adhesion /

自然免疫系 /

heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex /

ATP binding /

生体膜 /

細胞核 /

細胞膜 /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Larson, E.T.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple Determinants for Selective Inhibition of Apicomplexan Calcium-Dependent Protein Kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...

履歴

登録	2011年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uqf.cif.gz	216.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uqf.ent.gz	176 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/3uqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/3uqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx9C 3sxfC 3t3uC 3t3vC 3upxC 3upzC 3uqgC 3v51C 3v5pC 3v5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3el7-d 3qlf-2 3f3u-1 3g6h-2 3oez-1 3f3w-1 5swh-1 4o2p-1 3f3v-2 3svv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

ヘテロ分子

66.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.790, 63.240, 73.300
Angle α, β, γ (deg.)	79.320, 89.350, 89.880
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src 分子量: 32726.645 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 251-533) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-BK5 / 3-(6-ethoxynaphthalen-2-yl)-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / RM-1-89 分子量: 347.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₅O
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9% PEG 4000, 100 mM MES pH 6.5, 5 mM Sodium Acetate, 2.0 mM RM-1-89 in 10% DMSO, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月20日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→41.79 Å / Num. all: 32963 / Num. obs: 32963 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 37.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 8.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.27→36.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / WR_factor R_free: 0.2467 / WR_factor R_work: 0.2175 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8403 / SU B: 13.264 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.2828 / SU R_free: 0.2183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2557	1672	5.1 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.2275	32963	96.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.35 Å² / B_iso mean: 41.2225 Å² / B_iso min: 13.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0.21 Å²	0.3 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0.55 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→36.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4050	0	52	69	4171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.194	1.988	5730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3.002	6964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.649	5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.784	23.702	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.62	15	701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.318	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	4640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	856

LS精密化シェル

解像度: 2.271→2.33 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	112	-
R_work	0.338	2326	-
all	-	2438	-
obs	-	-	95.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.755	0.4184	1.1703	4.3276	0.2681	9.3149	-0.1742	-0.2336	-0.2051	-0.0615	0.122	-0.0002	0.4377	0.1469	0.0522	0.3243	0.0011	0.0349	0.103	0.0849	0.0776	-8.839	-40.02	16.519
2	4.0277	-0.2451	0.1008	20.145	-16.3523	13.2881	0.2182	-0.445	0.0434	0.2039	-1.9137	-2.0254	-0.2526	1.6104	1.6955	0.5875	-0.2199	-0.1605	0.5162	0.1803	0.2719	2.21	-29.797	15.092
3	0.7545	0.1521	0.106	1.534	-0.4201	1.6297	-0.0818	-0.0227	-0.0207	0.2691	0.0341	0.1409	0.0086	0.0752	0.0477	0.1365	0.0026	0.0151	0.0693	0.0531	0.1269	-7.17	-29.915	1.353
4	8.5589	-2.0215	-1.2816	0.7742	1.6563	6.4672	0.0534	-0.1008	0.3729	0.0591	0.1438	-0.1282	0.242	0.4514	-0.1972	0.074	0.0443	-0.0571	0.1876	0.0705	0.2021	10.495	-32.059	-4.122
5	1.3699	-0.7958	0.786	1.8543	-0.167	0.892	-0.0394	0.2673	0.0023	-0.1675	-0.0746	-0.1139	-0.0854	0.298	0.114	0.1016	-0.0432	0.0163	0.1637	0.0814	0.1153	0.902	-26.443	-14.992
6	2.5203	-2.1944	2.6272	2.7489	-1.7252	9.2901	0.2849	0.3748	-0.2259	-0.6824	-0.2193	0.1358	2.0512	0.3863	-0.0655	0.9614	-0.0045	0.1161	0.1236	0.0295	0.1366	-5.779	-69.114	-42.152
7	0.812	-0.5404	0.3356	1.2161	2.8379	11.1579	0.1117	-0.1081	0.0348	-0.1487	-0.1013	-0.035	-0.0497	-0.6723	-0.0104	0.3947	-0.0519	0.0114	0.1631	0.1091	0.1197	-11.213	-57.605	-37.537
8	0.1539	0.1588	0.4936	2.5283	-0.2869	2.6187	-0.0395	-0.0119	-0.0251	-0.3995	0.061	-0.1734	0.1569	-0.0128	-0.0215	0.1316	0.0465	0.0274	0.0909	0.0513	0.1437	-5.428	-61.761	-24.207
9	2.8067	0.1208	0.9469	1.6599	-0.7369	2.3121	-0.0214	-0.0911	-0.053	0.0323	0.0218	0.161	0.0963	-0.3305	-0.0004	0.0505	0.0238	-0.0003	0.1616	-0.012	0.1572	-19.598	-64.569	-14.16
10	2.0724	1.2662	0.5007	1.7612	0.4068	1.3815	0.0455	-0.1831	0.0754	0.1833	-0.147	0.0612	-0.1141	-0.1409	0.1015	0.1053	0.0719	-0.008	0.103	-0.0175	0.1265	-10.244	-53.88	-7.874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	258 - 303
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	304 - 318
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	319 - 403
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	404 - 438
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	439 - 533
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	256 - 306
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	307 - 329
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	330 - 403
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	404 - 477
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	478 - 533

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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