PDB-3uor: The structure of the sugar-binding protein MalE from the phytopat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uor

タイトル

The structure of the sugar-binding protein MalE from the phytopathogen Xanthomonas citri

要素

ABC transporter sugar binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / alfa/beta protein / periplasmic-binding protein /

maltose (マルトース)

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ABC transporter sugar binding protein

機能・相同性情報

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Medrano, F.J. / Souza, C.S. / Balan, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structure determination of a sugar-binding protein from the phytopathogenic bacterium Xanthomonas citri.
著者: Medrano, F.J. / de Souza, C.S. / Romero, A. / Balan, A.

履歴

登録	2011年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uor.cif.gz	338.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uor.ent.gz	278.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/3uor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/3uor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7c6y-d 6wpn-2 7c6f-d 7c6x-11 3atq-d 7c6x-7 5ixp-d 4opl-d 4ff6-2 6sfa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter sugar binding protein

B: ABC transporter sugar binding protein

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter sugar binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC transporter sugar binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.971, 122.971, 304.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	ABC transporter sugar binding protein 分子量: 51385.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: malE, XAC2310 / プラスミド: pET28_MalE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: Q8PK66
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.23	61.93
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
298	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8	0.1 M Tris HCl pH 8.0, 3.5 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
298	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8	0.1 M Tris HCl pH 8.0; 3.5 M Sodium Formate; heavy atom soaking with 1 mM mersalyl acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	1	1.00662
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	2	1.00591

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2010年12月6日	mirrors
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2010年12月6日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Silicon	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Silicon	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.00662	1
2	1.00591	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 68944 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 41.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.059

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MxCuBE	データ収集
SHARP	位相決定
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
SCALA	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.202→47.818 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 23.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2282	3254	5.06 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
all	0.2282	68944	-	-
obs	0.191	64277	92.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.632 Å² / k_sol: 0.362 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.152 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.152 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.304 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→47.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6373	0	0	346	6719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6553
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	8910
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.019	2368
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	925
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1170

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2025-2.2812	0.3485	269	0.2876	4612	X-RAY DIFFRACTION	72
2.2812-2.3725	0.3039	263	0.2486	5309	X-RAY DIFFRACTION	82
2.3725-2.4805	0.2735	307	0.2163	5759	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4805-2.6113	0.2635	315	0.2074	6016	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6113-2.7749	0.2801	324	0.2154	6234	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7749-2.9891	0.2807	334	0.2303	6367	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9891-3.2898	0.2621	360	0.2056	6435	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2898-3.7657	0.1944	388	0.1649	6542	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7657-4.7437	0.1786	334	0.1357	6717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7437-47.8297	0.1847	360	0.1658	7032	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8434	-0.2916	1.0248	3.3919	0.7991	1.6724	0.2496	0.2294	0.0706	-0.0521	-0.2355	0.7897	-0.4202	-0.3022	-0	0.3455	0.0978	0.1034	0.3542	-0.0193	0.5435	-28.8172	-18.3047	-5.5724
2	0.9586	-0.7109	-0.7059	1.1943	-0.1533	0.7145	0.0354	-0.1132	-0.0873	0.2486	-0.0858	0.2193	0.0117	0.1783	0.0001	0.276	0.0101	0.0874	0.2093	0.0121	0.2487	-12.6421	-29.0983	-3.1312
3	-0.0012	-0.3327	-0.0316	2.6262	-0.8356	1.0923	0.0308	0.1182	-0.009	-0.2134	-0.2154	0.0049	0.2228	0.1909	0	0.2314	0.1536	0.0664	0.2448	0.027	0.2173	-4.8741	-37.4172	-20.1745
4	1.1679	-0.5071	-0.9998	1.9885	1.2868	2.3145	0.1284	-0.1028	-0.191	0.3874	-0.2929	0.3473	0.1318	0.0748	0.0001	0.2482	0.0388	0.1247	0.1682	0.0215	0.2769	-17.1314	-32.5127	-2.5314
5	0.1233	-0.109	0.4334	1.3741	-0.2662	0.3651	-0.0898	0.0114	0.1032	-0.429	0.0612	0.1469	-0.0478	0.1024	0.0001	0.2735	0.0838	0.0363	0.3302	0.1195	0.24	-4.3248	-21.9285	-27.3478
6	-0.0057	-0.2486	0.3014	0.3138	-0.3372	0.2137	-0.4141	0.2861	0.0608	-0.1547	0.1868	0.2264	-0.2336	0.638	0.0001	0.3565	0.0698	-0.0572	0.2801	0.0682	0.3	-5.6428	-3.2664	-19.6924
7	1.8347	-0.8835	0.4494	0.6929	-0.2973	1.0324	-0.2921	1.5931	0.0155	-0.836	0.2187	-0.1206	0.0446	-0.3055	0	0.7794	-0.4039	0.1359	1.0982	0.0149	0.41	-42.0163	-49.9482	-29.7689
8	2.7939	0.5971	-1.2153	0.876	0.6765	0.6185	-0.2243	-0.1154	-0.5415	-0.0207	-0.0807	-0.1066	-0.1514	0.0646	0.0001	0.3701	-0.175	-0.0033	0.3279	0.091	0.3755	-46.4628	-54.6703	-1.209
9	2.2412	0.2329	-1.3075	1.2903	-1.8632	1.8868	0.0474	0.3128	0.1689	0.0201	0.2225	0.076	0.0175	0.1405	-0.0001	0.3971	-0.1851	-0.034	0.2969	0.132	0.3156	-57.8999	-47.292	-1.3759
10	3.612	-0.2054	-2.1287	1.7197	-0.7304	1.0277	-0.0095	-0.1803	0.2918	-0.054	-0.0969	-0.1305	0.1202	0.21	-0	0.4219	-0.1912	-0.0096	0.4084	0.1312	0.4405	-40.3587	-47.6639	-2.6544
11	1.4096	0.637	-0.0151	1.0199	0.2003	1	-0.3829	0.6943	-0.8249	-0.2242	0.0732	-0.2726	0.2927	-0.035	-0.0002	0.5486	-0.1348	0.2026	0.6744	-0.1321	0.5651	-38.354	-57.4773	-19.6781
12	0.7451	-0.5711	0.9023	1.0121	-0.6402	0.6934	-0.1956	0.61	0.5753	-0.2525	0.2305	0.2971	-0.2071	-0.2934	-0.0002	0.5111	-0.2158	-0.1259	0.6164	0.3123	0.5119	-66.913	-43.4578	-14.1332

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 27:107)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 108:154)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 155:270)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 271:371)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 372:408)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 409:423)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 28:128)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 129:174)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 175:244)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 245:306)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 307:371)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 372:422)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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