PDB-3uo1: Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uo1

タイトル

Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen

要素

ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN
ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IG-FOLD / 3 / 10-HELIX

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation ...positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of interleukin-4 production / MHC class I protein binding /

protection from natural killer cell mediated cytotoxicity /

beta-2-microglobulin binding /

T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of tumor necrosis factor production / protein-folding chaperone binding / antibacterial humoral response /

獲得免疫系 / defense response to Gram-positive bacterium /

免疫応答 / external side of plasma membrane /

signaling receptor binding /

ゴルジ体 /

細胞膜 /

小胞体 /

extracellular space /

metal ion binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.641 Å

データ登録者

Margulies, D.H. / Mage, M.G. / Wang, R. / Natarajan, K.

引用

ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: The Peptide-receptive transition state of MHC class I molecules: insight from structure and molecular dynamics.
著者: Mage, M.G. / Dolan, M.A. / Wang, R. / Boyd, L.F. / Revilleza, M.J. / Robinson, H. / Natarajan, K. / Myers, N.B. / Hansen, T.H. / Margulies, D.H.

履歴

登録	2011年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月1日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uo1.cif.gz	189.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uo1.ent.gz	157.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/3uo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/3uo1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uyrC 3v4uC 3v52C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ig7-1 6xtg-d 3g6j-4 5mp5-4 2gcy-d 6dwa-1 4wht-10 1ru9-d 5mu0-1 5mv4-8 3i75-d 6a9k-2 6xun-1 4gaj-d 4wht-11 2pcp-1 1q72-d 1rih-d 5k9j-d 3v52-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

H: ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN

L: ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN

P: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

ヘテロ分子

48.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.583, 40.291, 59.353
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-338- HOH
2	1	H-439- HOH

#1: タンパク質	ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN 分子量: 23163.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: タンパク質	ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN 分子量: 23967.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain 分子量: 1115.213 Da / 分子数: 1 / Fragment: H-2L(d) PEPTIDE SEGMENT 46-54 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01897
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: antibody at 6.8 mg/ml mixed with equimolar peptide and then 1:1 with 0.1 M LiSO4, 0.1 M TRIS, 30% w/v PEG 3000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→46.93 Å / Num. obs: 54890

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 最高解像度: 1.641 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2056	2776	5.08 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.1861	54694	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.766 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.8747 Å²	-0 Å²	3.8943 Å²
2-	-	-3.0039 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8708 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.641 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3386	0	5	478	3869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	4731
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.97	1237
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.641-1.6692	0.3578	115	0.2999	2500	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6692-1.6995	0.3111	124	0.2713	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6995-1.7322	0.2753	139	0.2601	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7322-1.7676	0.2749	125	0.2462	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7676-1.806	0.2895	135	0.2273	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.806-1.848	0.2328	146	0.2216	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.848-1.8942	0.2486	134	0.2038	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8942-1.9454	0.2356	154	0.1919	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9454-2.0027	0.2009	137	0.1816	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0027-2.0673	0.2175	147	0.1803	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0673-2.1412	0.2188	135	0.1805	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1412-2.2269	0.1737	144	0.1813	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2269-2.3283	0.2035	149	0.1724	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3283-2.451	0.2003	122	0.1864	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.451-2.6046	0.2023	149	0.182	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6046-2.8057	0.2232	150	0.1914	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8057-3.088	0.2227	150	0.1897	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.088-3.5347	0.1984	138	0.175	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5347-4.4528	0.1704	133	0.1607	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4528-46.9517	0.1838	150	0.1793	2718	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9844	-1.963	0.6989	2.6337	0.3185	2.1847	0.1954	0.4392	-0.4085	0.0786	-0.4688	0.2598	-0.1331	-0.2433	-0.0317	0.0688	0.054	0.0539	0.2079	-0.096	0.1376	16.8694	-2.0753	24.1798
2	2.2808	-1.2138	-1.5415	1.2051	2.1131	5.0497	0.0381	0.0762	-0.0196	-0.0696	-0.0113	-0.0618	-0.1056	-0.0934	-0.0107	0.1692	0.0086	0.0203	0.1375	0.0192	0.1637	11.346	3.3839	-7.0282
3	1.0827	-0.6886	-0.3151	3.8857	4.3182	6.7259	0.1934	0.3632	0.177	-0.1351	-0.0082	-0.2671	-0.2219	0.1915	-0.0874	0.1627	0.0185	-0.0073	0.2451	0.0285	0.1988	41.5554	-2.2791	12.0391
4	2.2046	-0.2482	0.4619	2.0265	-0.3448	3.953	0.0805	0.1113	-0.1973	0.0191	0.0585	0.0849	0.0225	-0.1786	-0.1714	0.0861	0.0195	-0.007	0.08	0.0009	0.1373	33.9159	-7.6001	21.2672
5	3.0027	0.2936	0.7538	3.062	0.2122	4.0471	0.057	0.3569	-0.2904	-0.1086	-0.1386	0.0643	0.3906	0.0984	0.0879	0.1657	0.0383	-0.0027	0.147	-0.0564	0.196	39.3966	-13.4047	17.0552
6	0.6045	-0.161	0.5766	0.715	-0.7452	2.2115	0.085	0.2716	-0.0612	-0.0532	-0.1033	-0.0352	0.2094	0.176	-0.0018	0.1234	0.0556	-0.0248	0.2403	-0.0271	0.1639	35.3063	-4.7454	8.4598
7	1.3293	-0.9144	0.1894	2.1294	-0.7619	2.4882	0.0778	0.0663	0.4473	0.0319	-0.0075	-0.0674	-0.1909	0.1952	-0.0437	0.1474	-0.0165	0.0316	0.1062	0.0087	0.1889	21.4586	12.5449	-12.7415
8	2.2014	-1.5649	0.6457	3.6036	-1.1947	2.3187	0.1152	0.0297	0.3264	-0.0496	-0.0266	-0.0468	-0.1434	0.3007	-0.1394	0.1308	-0.0299	0.032	0.1356	-0.0012	0.1807	23.3155	12.7418	-13.1904
9	6.5183	3.46	1.2597	6.0922	3.3076	3.2512	0.0704	-1.0415	-1.1628	1.8532	0.3667	-0.8163	0.9062	0.5528	0.1652	0.4731	0.0551	0.064	0.3526	0.1503	0.3402	29.0155	-8.2807	36.1044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resseq 1:115)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resseq 116:216)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resseq 1:25)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resseq 26:53)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resseq 54:80)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resseq 81:117)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resseq 118:159)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resseq 160:218)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'P'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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