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- PDB-3un4: Yeast 20S proteasome in complex with PR-957 (morpholine) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3un4
タイトルYeast 20S proteasome in complex with PR-957 (morpholine)
要素(Proteasome component ...プロテアソーム) x 14
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Proteasome (プロテアソーム) / antigen presentation (抗原提示) / drug development / protein degradation (タンパク質分解) / HYDROLASE -HYDROLASE-INHIBITOR complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2,4-TRIDEOXY-4-METHYL-2-{[N-(MORPHOLIN-4-YLACETYL)-L-ALANYL-O-METHYL-L-TYROSYL]AMINO}-1-PHENYL-D-XYLITOL / Chem-04C / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 ...1,2,4-TRIDEOXY-4-METHYL-2-{[N-(MORPHOLIN-4-YLACETYL)-L-ALANYL-O-METHYL-L-TYROSYL]AMINO}-1-PHENYL-D-XYLITOL / Chem-04C / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Huber, E. / Basler, M. / Schwab, R. / Heinemeyer, W. / Kirk, C. / Groettrup, M. / Groll, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Immuno- and constitutive proteasome crystal structures reveal differences in substrate and inhibitor specificity.
著者: Huber, E.M. / Basler, M. / Schwab, R. / Heinemeyer, W. / Kirk, C.J. / Groettrup, M. / Groll, M.
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome component Y7
B: Proteasome component Y13
C: Proteasome component PRE6
D: Proteasome component PUP2
E: Proteasome component PRE5
F: Proteasome component C1
G: Proteasome component C7-alpha
H: Proteasome component PUP1
I: Proteasome component PUP3
J: Proteasome component C11
K: Proteasome component PRE2
L: Proteasome component C5
M: Proteasome component PRE4
N: Proteasome component PRE3
O: Proteasome component Y7
P: Proteasome component Y13
Q: Proteasome component PRE6
R: Proteasome component PUP2
S: Proteasome component PRE5
T: Proteasome component C1
U: Proteasome component C7-alpha
V: Proteasome component PUP1
W: Proteasome component PUP3
X: Proteasome component C11
Y: Proteasome component PRE2
Z: Proteasome component C5
a: Proteasome component PRE4
b: Proteasome component PRE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,04834
ポリマ－728,54028
非ポリマー3,5086
水23,8161322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.410, 300.780, 143.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.99967, -0.003009, 0.025512), (-0.001333, -0.985702, -0.168494), (0.025654, -0.168472, 0.985373)67.17863, -290.05682, -25.3405

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要素

-
Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZMaNb

#1: タンパク質 Proteasome component Y7 / プロテアソーム / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome component Y13 / プロテアソーム / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome component PRE6 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome component PUP2 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome component PRE5 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome component C1 / プロテアソーム / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome component C7-alpha / プロテアソーム / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#8: タンパク質 Proteasome component PUP1 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome component PUP3 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome component C11 / プロテアソーム / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome component PRE2 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome component C5 / プロテアソーム / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome component PRE4 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome component PRE3 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

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非ポリマー , 2種, 1328分子

#15: 化合物
ChemComp-04C / 1,2,4-trideoxy-4-methyl-2-{[N-(morpholin-4-ylacetyl)-L-alanyl-O-methyl-L-tyrosyl]amino}-1-phenyl-D-xylitol


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: 阻害剤 / 分子量: 584.704 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H44N4O7
参照: 1,2,4-TRIDEOXY-4-METHYL-2-{[N-(MORPHOLIN-4-YLACETYL)-L-ALANYL-O-METHYL-L-TYROSYL]AMINO}-1-PHENYL-D-XYLITOL, proteasome endopeptidase complex
#16: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O / 参照: proteasome endopeptidase complex

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詳細

配列の詳細THE STARTING EPOXIDE RING OF AN EPOXOMICIN-LIKE INHIBITOR UNDERGOES RE-CYCLIZATION REACTION WITH ...THE STARTING EPOXIDE RING OF AN EPOXOMICIN-LIKE INHIBITOR UNDERGOES RE-CYCLIZATION REACTION WITH THE SIDE CHAIN OF N-TERMINAL RESIDUE THR-1 (CHAINS b,N,K,V,Y and H) AND THE FINAL PRODUCT 04C IS OBSERVED. SEE ALSO LINK RECORDS AND REMARK 630.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM MES, 12% MPD, 20 mM MgAc2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月2日
放射モノクロメーター: Double-crystal fixed-exit monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. all: 144376 / Num. obs: 141633 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 8.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1RYP

1ryp


解像度: 3.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 53.346 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.471 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21948 7082 5 %RANDOM
Rwork0.17885 ---
obs0.18086 134550 98.29 %-
all-141632 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK PARAMETER FOR MASK CALCULATION
原子変位パラメータBiso mean: 80.525 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.86 Å20 Å2-2.13 Å2
2---8.88 Å20 Å2
3---3.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49538 0 252 1322 51112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0250726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8991.96568638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.26856334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69124.4082264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.737158774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.82615288
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.27750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02137954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.302350726
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free40.5335430
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.839550692
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.484 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 491 -
Rwork0.296 9347 -
obs--98.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7315-0.19680.30611.1553-0.20050.1621-0.08040.00030.03590.08260.0198-0.2578-0.0759-0.04570.06060.2325-0.0557-0.01390.1926-0.060.265466.872-92.39245.556
20.8375-0.0343-0.07680.5782-0.24940.4594-0.18760.02540.0865-0.0839-0.0339-0.1413-0.12430.09050.22150.3104-0.06670.03960.19460.08940.245159.395-88.31616.099
30.27140.2443-0.31380.5677-0.31650.40320.0137-0.04610.042-0.1896-0.0280.1016-0.04170.05660.01430.31580.0147-0.02190.18840.08040.226632.135-87.8010.611
40.4178-0.0593-0.21960.3810.1140.1389-0.0793-0.07740.0574-0.09050.08110.3075-0.01920.0546-0.00180.23020.0936-0.05810.13530.12490.40163.563-90.92614.015
50.22980.11620.04270.7226-0.4250.3702-0.0108-0.03240.10760.10820.03690.3219-0.07480.0071-0.02610.17420.0890.16030.15060.0150.5153-2.778-94.38845.251
60.5083-0.33220.16810.4325-0.1480.06690.0090.0331-0.00740.2548-0.02050.0982-0.0498-0.01090.01140.50330.02420.2380.1384-0.06690.177115.538-95.06469.283
70.3572-0.0959-0.20190.61450.05980.12970.00350.0556-0.00750.3758-0.0385-0.1108-0.0444-0.03670.0350.5237-0.0375-0.06580.1418-0.05260.127147.694-93.41670.565
80.0586-0.1414-0.15680.72190.42210.49850.06080.05240.02520.2156-0.0623-0.346-0.0659-0.07260.00140.2809-0.0376-0.16640.16340.00040.342267.434-130.19748.18
90.28420.04290.12511.13770.10230.22450.0099-0.0684-0.04790.06-0.0415-0.3547-0.047-0.0610.03160.0967-0.03390.07740.23540.01020.352568.213-128.00620.738
100.39130.020.34270.9712-0.30580.4141-0.0046-0.00130.0608-0.2849-0.0412-0.04710.06310.02620.04580.24180.00660.13930.24220.01660.115844.777-127.131-1.119
110.58950.30810.0391.33510.48430.5773-0.0582-0.01930.134-0.29780.07180.4641-0.06960.0771-0.01360.17830.0338-0.13240.19470.06260.269810.909-131.4211.94
120.1206-0.16170.11420.49660.01130.360.1005-0.0085-0.0551-0.1350.00620.2636-0.0322-0.0051-0.10670.11110.04020.07110.20130.05090.4333-4.221-134.69128.366
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170.0908-0.029-0.08010.6140.02750.30890.1365-0.0255-0.0808-0.348-0.02870.17470.02750.1666-0.10780.51110.0521-0.22160.1029-0.12120.320535.808-203.79-9.322
180.9082-0.23050.26210.7941-0.02360.08920.1119-0.1103-0.0261-0.2592-0.0985-0.330.0454-0.0654-0.01340.37470.12740.16240.1978-0.05640.305264.537-202.8754.109
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250.91810.6216-0.04481.7792-0.37470.26280.15230.0992-0.1003-0.2634-0.0562-0.21850.01380.0437-0.09610.2060.07030.13430.2565-0.06210.220757.025-160.919-0.983
260.2570.0525-0.32831.17050.04790.52230.09890.0531-0.02470.0448-0.1192-0.3471-0.028-0.04670.02020.10080.07370.03910.2261-0.02030.387372.681-162.07725.327
270.7494-0.05680.18710.9277-0.30270.25220.07860.064-0.06980.351-0.0503-0.12480.01030.0126-0.02830.26930.0041-0.17080.15920.00970.222961.317-164.12857.338
280.23010.00850.05351.45570.15610.05210.11780.036-0.06810.3161-0.048-0.00810.0561-0.0612-0.06980.429-0.0310.0210.2080.08690.092129.689-169.66867.701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION1A251 - 1318
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 244
4X-RAY DIFFRACTION2B258 - 1295
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 241
6X-RAY DIFFRACTION3C253 - 1308
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
8X-RAY DIFFRACTION4D253 - 1314
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 233
10X-RAY DIFFRACTION5E234 - 1281
11X-RAY DIFFRACTION6F1 - 244
12X-RAY DIFFRACTION6F285 - 1321
13X-RAY DIFFRACTION7G1 - 243
14X-RAY DIFFRACTION7G244 - 1273
15X-RAY DIFFRACTION8H1 - 222
16X-RAY DIFFRACTION8H233
17X-RAY DIFFRACTION8H234 - 1288
18X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
19X-RAY DIFFRACTION9I205 - 1322
20X-RAY DIFFRACTION10J1 - 198
21X-RAY DIFFRACTION10J199 - 1315
22X-RAY DIFFRACTION11K1 - 212
23X-RAY DIFFRACTION11K213
24X-RAY DIFFRACTION11K214 - 1313
25X-RAY DIFFRACTION12L1 - 222
26X-RAY DIFFRACTION12L223 - 1302
27X-RAY DIFFRACTION13M1 - 233
28X-RAY DIFFRACTION13M234 - 1312
29X-RAY DIFFRACTION14N1 - 196
30X-RAY DIFFRACTION14N197
31X-RAY DIFFRACTION14N198 - 1211
32X-RAY DIFFRACTION15O1 - 250
33X-RAY DIFFRACTION15O251 - 1267
34X-RAY DIFFRACTION16P1 - 244
35X-RAY DIFFRACTION16P258 - 1317
36X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 241
37X-RAY DIFFRACTION17Q253 - 1304
38X-RAY DIFFRACTION18R1 - 242
39X-RAY DIFFRACTION18R268 - 1282
40X-RAY DIFFRACTION19S1 - 233
41X-RAY DIFFRACTION19S234 - 1299
42X-RAY DIFFRACTION20T1 - 244
43X-RAY DIFFRACTION20T285 - 1320
44X-RAY DIFFRACTION21U1 - 243
45X-RAY DIFFRACTION21U244 - 1310
46X-RAY DIFFRACTION22V1 - 222
47X-RAY DIFFRACTION22V233
48X-RAY DIFFRACTION22V234 - 1307
49X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
50X-RAY DIFFRACTION23W205 - 1316
51X-RAY DIFFRACTION24X1 - 198
52X-RAY DIFFRACTION24X199 - 1245
53X-RAY DIFFRACTION25Y1 - 212
54X-RAY DIFFRACTION25Y213
55X-RAY DIFFRACTION25Y214 - 1301
56X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 222
57X-RAY DIFFRACTION26Z223 - 1291
58X-RAY DIFFRACTION27a1 - 233
59X-RAY DIFFRACTION27a234 - 1287
60X-RAY DIFFRACTION28b1 - 196
61X-RAY DIFFRACTION28b197
62X-RAY DIFFRACTION28b198 - 1232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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