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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ubi | ||||||
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タイトル | The Absence of Tertiary Interactions in a Self-Assembled DNA Crystal Structure | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / NANOTECHNOLOGY (ナノテクノロジー) / DNA CROSSOVER / DESIGNED CRYSTAL LATTICE | ||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.8046 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, N. / Birktoft, J.J. / Sha, R. / Wang, T. / Zheng, J. / Constantinou, P.E. / Ginell, S.L. / Chen, Y. / Mao, C. / Seeman, N.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2012 タイトル: The absence of tertiary interactions in a self-assembled DNA crystal structure. 著者: Nguyen, N. / Birktoft, J.J. / Sha, R. / Wang, T. / Zheng, J. / Constantinou, P.E. / Ginell, S.L. / Chen, Y. / Mao, C. / Seeman, N.C. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: From molecular to macroscopic via the rational design of a self-assembled 3D DNA crystal. 著者: Zheng, J. / Birktoft, J.J. / Chen, Y. / Wang, T. / Sha, R. / Constantinou, P.E. / Ginell, S.L. / Mao, C. / Seeman, N.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ubi.cif.gz | 36.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ubi.ent.gz | 27 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ubi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ubi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ubi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE CRYSTAL IS AN INFINITE NETWORK MADE FROM THREE DNA STRANDS THAT SELF-ASSOCIATE. IN THE CURRENT ENTRY THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF 4 CHAINS, 3 OF WHICH ARE FRAGMENTS OF LONGER DNA STRANDS. APPLYING THE SPACE GROUP H3 SYMMETRY OPERATORS (X, Y, Z,), (-Y, X-Y, Z), AND (-X+Y,-X,Z) TO THE CONTENTS OF THE ASYMMETRIC UNIT GENERATES ONE TRIMERIC UNIT OF THE SELF-ASSOCIATED DNA NETWORK. ADDITIONAL DETAILS ABOUT THE CHEMICAL COMPOSITION AND ASSOCIATION ARE INCLUDED IN REMARK 400. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4884.168 Da / 分子数: 1 断片: THE 16 RESIDUES IS FROM OF THE FIRST PART OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS. 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5230.415 Da / 分子数: 1 断片: SYMMETRICALLY- AND SEQUENTIALLY REPEATING UNIT OF A CIRCULAR DNA MOLECULES, SEE REMARK 400 FOR DETAILS. 由来タイプ: 合成 |
#3: DNA鎖 | 分子量: 4311.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#4: DNA鎖 | 分子量: 4550.957 Da / 分子数: 1 断片: THE 15 RESIDUES IS FROM OF THE LAST PART OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS. 由来タイプ: 合成 |
構成要素の詳細 | THE STRUCTURE UNIT IS GENERATED FROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH INTERNAL 3-FOLD ...THE STRUCTURE UNIT IS GENERATED FROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. EXTENDING OF THE STRUCTURE UNIT IN 3-D SPACE RESULTS THE CRYSTAL AT R3 SPACE GROUP (REPRESENTE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: GROWN BY VAPOR DIFFUSION WHILE TREATED WITH A CONTROLLED TEMPERATURE GRADIENT FROM 333 DEGS TO 293 DEGS., PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 190 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: GRAPHITE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 6.805→49.069 Å / Num. all: 1413 / Num. obs: 1413 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.8046→49.069 Å / SU ML: -0 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 34.47 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0.126 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 6.8046→49.069 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 6.8046 Å
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