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Yorodumi- PDB-3u7r: FerB - flavoenzyme NAD(P)H:(acceptor) oxidoreductase (FerB) from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u7r | ||||||
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Title | FerB - flavoenzyme NAD(P)H:(acceptor) oxidoreductase (FerB) from Paracoccus denitrificans | ||||||
Components | NADPH-dependent FMN reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / alpha/beta twisted open-sheet / lavoprotein / quinone reductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Paracoccus denitrificans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Marek, J. / Klumpler, T. / Sedlacek, V. / Kucera, I. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2014 Title: The Structural and Functional Basis of Catalysis Mediated by NAD(P)H:acceptor Oxidoreductase (FerB) of Paracoccus denitrificans. Authors: Sedlacek, V. / Klumpler, T. / Marek, J. / Kucera, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u7r.cif.gz | 157.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u7r.ent.gz | 132.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u7r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Details | DIMER-TETRAMER EQUILIBRIUM |
-Components
#1: Protein | Mass: 21648.645 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paracoccus denitrificans (bacteria) / Strain: PD1222 / Gene: ferB, Pden_4071 / Plasmid: pET21a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) pLysS / References: UniProt: A1B9E3 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-2PE / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 15% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulphate, 0.1M Sodium acetate, 0.1M MES buffer pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, Hamburg / Beamline: X13 / Wavelength: 0.97522, 0.97714, 0.97753 | ||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2009 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111), horizontally focussing Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.4→19.56 Å / Num. obs: 75170 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.436 Å / % possible all: 86.04 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.4→19.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.598 / SU ML: 0.033 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.834 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→19.11 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 11446 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | T22: 0.0277 Å2 / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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