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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u7r | ||||||
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タイトル | FerB - flavoenzyme NAD(P)H:(acceptor) oxidoreductase (FerB) from Paracoccus denitrificans | ||||||
要素 | NADPH-dependent FMN reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alpha/beta twisted open-sheet / lavoprotein / quinone reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paracoccus denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Marek, J. / Klumpler, T. / Sedlacek, V. / Kucera, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: The Structural and Functional Basis of Catalysis Mediated by NAD(P)H:acceptor Oxidoreductase (FerB) of Paracoccus denitrificans. 著者: Sedlacek, V. / Klumpler, T. / Marek, J. / Kucera, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3u7r.cif.gz | 157.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3u7r.ent.gz | 132.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3u7r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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詳細 | DIMER-TETRAMER EQUILIBRIUM |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21648.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: PD1222 / 遺伝子: ferB, Pden_4071 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: A1B9E3 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2PE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulphate, 0.1M Sodium acetate, 0.1M MES buffer pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X13 / 波長: 0.97522, 0.97714, 0.97753 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111), horizontally focussing プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.4→19.56 Å / Num. obs: 75170 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / % possible all: 86.04 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→19.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.598 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.834 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.11 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 11446 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | T22: 0.0277 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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