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- PDB-3u3r: Crystal structure of D249G mutated Human SULT1A1 bound to PAP and... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u3r | ||||||
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Title | Crystal structure of D249G mutated Human SULT1A1 bound to PAP and P-NITROPHENOL | ||||||
![]() | Sulfotransferase 1A1 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guttman, C. / Berger, I. / Aharoni, A. / Zarivach, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: The molecular basis for the broad substrate specificity of human sulfotransferase 1A1. Authors: Berger, I. / Guttman, C. / Amar, D. / Zarivach, R. / Aharoni, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 138.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 108.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36333.629 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 1-295 / Mutation: D249G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: hSULT1A1 D249G mutation, OK/SW-cl.88, STP, STP1, SULT1A1 Plasmid: pET32tr / Production host: ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-A3P / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Sequence details | THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE ...THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHI | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.03 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: Magnesium chloride, BIS-TRIS, Polyethylene glycol 3.350, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 12, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.36→61.58 Å / Num. all: 14032 / Num. obs: 14032 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 17.1 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 21.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.44 Å2 / Biso mean: 31.0541 Å2 / Biso min: 6.34 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36→61.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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