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Yorodumi- PDB-3tp5: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+NVIAGL... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tp5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+NVIAGLA V23E/L36E at cryogenic temperature | ||||||
Components | ThermonucleaseMicrococcal nuclease | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable / pdTp / ionizable group | ||||||
Function / homology | Function and homology information endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Robinson, A.C. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+NVIAGLA V23E/L36E at cryogenic temperature Authors: Robinson, A.C. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tp5.cif.gz | 73.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tp5.ent.gz | 53.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tp5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/3tp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/3tp5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3bdcS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16182.500 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Nuclease A (UNP residues 83-231) Mutation: D21N/V23E/T33V/L36E/T41I/G50F/V51N/S59A/P117G/H124L/S128A/Del44-49 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Plasmid: pET24a+ / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
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#2: Chemical | ChemComp-THP / |
#3: Chemical | ChemComp-MPD / ( |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 31% MPD, 25 mM potassium phosphate, calcium chloride, pdTp, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: OTHER / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: BRUKER APEX II / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2011 / Details: multi-layer optics | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GE111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→39.49 Å / Num. all: 11426 / Num. obs: 14426 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 40.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3BDC Resolution: 1.8→39.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.2117 / WRfactor Rwork: 0.1823 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8496 / SU B: 5.304 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1267 / SU Rfree: 0.1237 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 55.84 Å2 / Biso mean: 19.8026 Å2 / Biso min: 8.52 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→39.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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