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万見
- PDB-3tjr: Crystal structure of a Rv0851c ortholog short chain dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tjr
タイトルCrystal structure of a Rv0851c ortholog short chain dehydrogenase from Mycobacterium paratuberculosis
要素short chain dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / SCD / NAD / nucleotide adenine dinucleotide / 5-hydroxy NAD / putative uncharacterized protein / asymmetric substrate or cofactor recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (ヨーネ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 2.02018年1月17日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.type_symbol
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: short chain dehydrogenase
B: short chain dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1163
ポリマ－64,1162
非ポリマー01
水9,944552
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.110, 130.370, 55.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-537-

HOH

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要素

#1: タンパク質 short chain dehydrogenase


分子量: 32058.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (ヨーネ菌)
遺伝子: MAP_0710c / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q742X5, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MypaA.01097.i.A1 PW29443 at 32.8 mg/mL with full tag against JCSG+ screen condition A5: 0.2 M Mg formate, 20% PEG3350, with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: MypaA.01097.i.A1 PW29443 at 32.8 mg/mL with full tag against JCSG+ screen condition A5: 0.2 M Mg formate, 20% PEG3350, with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 222227a5, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979175 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 71659 / Num. obs: 70936 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.407 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 27.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.6-1.643.50.1318.22181035222521399.8
1.64-1.690.129.7719898513999.8
1.69-1.740.10411.2319234493599.8
1.74-1.790.08713.2818677479199.7
1.79-1.850.07415.4318381469499.9
1.85-1.910.06118.7717595451099.8
1.91-1.980.05321.4317027436499.7
1.98-2.070.04425.4616449419899.6
2.07-2.160.03928.9315724403599.4
2.16-2.260.03532.0814940384699.5
2.26-2.390.03234.2614316368699.1
2.39-2.530.033713387343998.5
2.53-2.70.02740.0112593325898.8
2.7-2.920.02542.5911662302897.9
2.92-3.20.02346.5210793281498.5
3.2-3.580.02251.189570252597.5
3.58-4.130.0254.348368223697
4.13-5.060.01757.37235190796.3
5.06-7.160.01755.725813149996.3
7.160.01755.74277381989.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.95 Å
Translation3 Å48.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
EPICS-baseddata acquisition systemデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IOY

3ioy


解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.1801 / WRfactor Rwork: 0.1607 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.903 / SU B: 2.424 / SU ML: 0.045 / SU R Cruickshank DPI: 0.0824 / SU Rfree: 0.0791 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1858 3590 5.1 %RANDOM
Rwork0.1651 ---
obs0.1662 70935 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.02 Å2 / Biso mean: 13.3916 Å2 / Biso min: 5.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3870 0 45 552 4467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.9615603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2945547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50622.35183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.3515618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3131544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2780.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213171
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 271 -
Rwork0.199 4621 -
all-4892 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.8312-5.2952.08676.5936-2.17530.7334-0.3544-0.19640.2130.46550.1442-0.7557-0.1588-0.05540.21020.1315-0.0123-0.0410.0113-0.0130.137810.974952.999416.0438
20.4161-0.25220.24860.3222-0.00010.3819-0.00880.0010.0255-0.0101-0.0186-0.0012-0.0069-0.02970.02730.0536-0.0006-0.0050.04660.00590.05580.903844.92444.2363
30.2767-0.04830.12450.7115-0.01310.0588-0.00570.00150.0203-0.00870.00810.0283-0.00150.0005-0.00240.0448-0.00830.00160.05160.00280.05289.537131.436610.8295
40.4836-0.44260.19820.5195-0.16870.222-0.0059-0.0484-0.01530.07060.02390.0297-0.0007-0.0239-0.0180.0460.00770.00350.06960.00370.03229.503327.573423.8725
50.5782-0.6271-0.07081.0045-0.13760.15440.01660.015-0.0114-0.0292-0.0201-0.010.01340.00680.00350.0493-0.0031-0.0020.0341-0.01470.069922.69890.47666.2813
60.22940.1223-0.08860.5556-0.0670.09520.0147-0.0069-0.0238-0.0051-0.0137-0.0166-0.003-0.0021-0.0010.0455-0.00250.0020.0535-0.00190.055616.835816.529811.2189
76.7060.6049-1.62310.2348-0.8443.10250.2603-0.28660.4452-0.0187-0.09470.0590.11710.3359-0.16570.0816-0.06370.01930.1246-0.03970.043543.333132.040812.7948
80.3533-0.3141-0.01180.44-0.01410.1634-0.0169-0.0419-0.00390.08270.0142-0.04240.00590.00830.00270.04980.0072-0.0120.0642-0.01630.036321.282721.870924.5749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3A87 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4A197 - 280
5X-RAY DIFFRACTION5B4 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6B97 - 193
7X-RAY DIFFRACTION7B194 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8B220 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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