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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tck | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from Mycobacterium tuberculosis - Form 4 | ||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Pth / Hydrolysis of Peptidyl-tRNA / Peptidyl-tRNA (細菌の翻訳) / Cytosol (細胞質基質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Selvaraj, M. / Ahmad, R. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012 タイトル: Structures of new crystal forms of Mycobacterium tuberculosis peptidyl-tRNA hydrolase and functionally important plasticity of the molecule 著者: Selvaraj, M. / Ahmad, R. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tck.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tck.ent.gz | 37.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tck | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20485.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT1042, MTCY10G2.35, pth, Rv1014c / プラスミド: PRSETBMtuPth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P65865, UniProt: P9WHN7*PLUS, peptidyl-tRNA hydrolase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 15% PEG 8000, 5% isoproponal, pH 7.5, Microbatch under oil, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 7780 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Z2I 解像度: 2.3→30 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 61.6401 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.395 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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