PDB-3tb6: Structure of the effector-binding domain of arabinose repressor A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tb6

タイトル

Structure of the effector-binding domain of arabinose repressor AraR from Bacillus subtilis

要素

Arabinose metabolism transcriptional repressor

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) /

transcription regulation /

arabinose binding (アラビノース)

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Prochazkova, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the effector-binding domain of the arabinose repressor AraR from Bacillus subtilis.
著者: Prochazkova, K. / Cermakova, K. / Pachl, P. / Sieglova, I. / Fabry, M. / Otwinowski, Z. / Rezacova, P.

履歴

登録	2011年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3tb6.ent.gz	200.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/3tb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/3tb6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1jftS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p01-d 1yc2-10 4h3k-2 1yc2-9 5wkc-2 3wae-d 3zd8-d 2qqg-2 2od9-2 4imj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arabinose metabolism transcriptional repressor

B: Arabinose metabolism transcriptional repressor

ヘテロ分子

67.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.068, 106.333, 111.847
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Arabinose metabolism transcriptional repressor

分子量: 33390.270 Da / 分子数: 2 / 断片: effector binding domain (UNP residues 71-362) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: araC, araR, BSU33970, yvbS / プラスミド: pET51/D-TOPO / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P96711

#2: 糖

ChemComp-ARB / beta-L-arabinopyranose / beta-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / β-L-アラビノピラノ-ス /

アラビノース

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅

識別子	タイプ	プログラム
LArapb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-L-arabinopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-L-Arap	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Ara	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル /

グリセリン

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: arabinose 50mM at 16.8mg/ml, 70mM HEPES pH7.5, 7% PEG8000, 6% ethylene glycol, 20% glycerol, 10mM spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.917 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月27日詳細: double crystal monochromator with 2 sets of Rh-coated mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 38046 / Num. obs: 33024 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 66 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Net I/σ(I): 35.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 59.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1JFT

1jft

解像度: 2.21→29.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 13.192 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23099	1660	5 %	RANDOM
R_work	0.1857	-	-	-
obs	0.18808	31295	86.74 %	-
all	-	36080	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.952 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→29.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4459	0	32	245	4736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.986	6305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.613	5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.783	25.074	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.525	15	885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.205	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.149	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.451	1.5	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.737	2	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.276	3	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.95	4.5	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.263 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	89	-
R_work	0.262	1472	-
obs	-	-	56.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2807	-3.0479	-2.7747	9.4446	4.3662	9.6187	0.0974	-0.1747	0.2453	0.0859	-0.2105	0.4477	-0.496	0.3094	0.1131	-0.3264	-0.0264	-0.0344	-0.2078	-0.0431	-0.1225	-4.364	7.349	26.146
2	3.8502	-2.4213	-0.5893	7.7564	0.7075	2.8986	-0.0436	-0.0692	0.3455	0.8155	-0.1384	0.1339	-0.2817	0.1335	0.182	-0.2848	-0.0467	0.0115	-0.1386	-0.0589	-0.0751	-5.51	7.069	31.771
3	3.0313	-3.0001	-0.6469	7.2503	-0.5932	2.9322	-0.0439	-0.2766	0.1805	1.0064	0.006	0.5756	0.0819	-0.1631	0.0378	-0.159	-0.0246	0.1284	-0.0976	-0.0571	0.0034	-12.229	-1.203	34.71
4	0.9286	0.758	-0.1404	3.8801	1.7931	4.3696	-0.0443	0.1392	-0.0184	-0.3946	-0.1151	0.514	0.627	-0.3443	0.1593	-0.2083	0.0019	-0.0655	-0.0856	0.0018	-0.0744	-9.341	-13.621	8.44
5	4.0133	-0.9394	0.0015	20.8399	15.5108	14.6755	-0.1209	0.0453	0.0638	0.2263	0.4257	-0.7017	0.3477	0.728	-0.3049	-0.1322	0.0346	0.0283	-0.1413	0.066	-0.1251	2.651	-15.062	16.501
6	4.0912	-1.4491	-2.0775	6.0687	-0.1366	8.2596	-0.0397	-0.0742	-0.1546	-0.3625	-0.02	-0.8433	0.198	0.9156	0.0597	-0.1883	0.0217	0.0398	-0.0401	0.0043	-0.0708	6.41	-10.863	5.907
7	18.0653	0	4.4976	17.6267	0	24.2511	0.5043	0.1757	0.782	-1.9835	0.2137	-1.6986	-1.8156	1.4843	-0.718	0.1514	-0.0826	0.0568	0.0486	-0.0153	0.0125	1.003	4.403	6.996
8	1.5449	-2.1811	-3.9327	4.8714	5.6614	10.502	0.1817	0.3099	0.2573	-0.2319	-0.3184	0.5327	-0.5919	-0.5677	0.1366	-0.2873	0.0932	-0.0838	-0.0575	-0.0258	0.038	-12.665	6.191	17.923
9	1.8367	0.0481	-3.1328	3.2883	3.2064	9.8726	0.106	0.3345	0.1873	0.0551	-0.5528	1.0877	-0.3684	-1.5287	0.4469	-0.2207	0.1674	-0.0627	0.1197	-0.0775	0.3149	-19.689	4.275	20.079
10	18.7327	6.2261	0.9437	27.1354	5.7782	18.748	-0.6805	2.3642	-0.1191	-2.9997	0.6733	0.2905	-0.9638	1.8818	0.0073	0.2059	0.0219	-0.0751	0.1782	-0.0164	-0.1364	-1.98	-7.118	-6.701
11	2.4302	1.7594	-2.4854	3.6957	0.1738	4.1494	0.11	0.1558	0.0155	-0.0968	-0.1101	-0.0139	0.0225	-0.0296	0.0002	-0.2388	0.0273	-0.029	-0.2061	-0.0224	-0.165	4.31	15.352	27.272
12	1.4988	-0.454	1.5638	5.7083	-1.2268	3.0211	0.1124	-0.0188	-0.204	0.221	-0.1412	0.2212	0.2266	-0.1395	0.0287	-0.2291	-0.035	0.0234	-0.1596	0.0014	-0.119	3.303	14.605	33.394
13	2.9079	-3.4711	0.8453	9.4896	-0.2584	3.7634	-0.1389	-0.1971	-0.0956	0.7392	0.06	0.1135	0.1403	-0.0041	0.079	-0.1581	-0.0345	-0.0149	-0.1612	-0.0062	-0.1515	7.077	22.998	39.426
14	0.6203	-0.0528	-0.6962	4.5512	-0.8266	1.6365	-0.0284	0.1809	0.0631	-0.8442	-0.1389	-0.696	-0.1597	0.2201	0.1672	-0.04	0.0116	0.1346	-0.0337	0.0246	-0.0111	15.276	31.229	17.218
15	5.8376	1.8844	-2.5134	6.9908	-2.3028	3.3343	0.0813	0.144	0.4486	-0.9007	-0.0893	-0.6842	-0.1235	0.2735	0.0079	0.0763	0.032	0.1803	-0.054	0.0149	-0.0468	14.669	39.411	14.358
16	10.3654	-1.6036	-6.3356	12.0738	-2.5904	13.716	0.172	0.6346	0.5649	-1.2995	0.2052	1.1746	-1.0067	-1.3909	-0.3773	0.4819	0.1239	-0.2841	0.1842	-0.0011	0.0369	-0.113	38.356	7.601
17	6.5085	-2.2824	4.1493	8.9764	-0.1862	13.8775	0.069	0.7267	-0.0043	-1.9948	-0.0925	0.9621	-0.3119	-1.073	0.0235	0.559	0.0632	-0.0428	0.0998	0.0153	-0.039	3.295	28.57	5.459
18	0.6366	-1.0016	1.0428	8.2678	-7.0699	12.2377	0.2013	0.2763	-0.2305	-1.4412	0.0303	-0.0609	0.7782	-0.2357	-0.2317	-0.0206	0.0623	0.0978	0.0094	-0.0035	-0.0568	12.272	18.827	15.326
19	2.0348	1.1468	0.0181	5.7604	-4.1437	11.4513	-0.0685	0.314	0.0239	-0.5437	-0.4505	-0.8827	-0.4659	1.1379	0.5191	-0.006	0.1511	0.2023	-0.0573	-0.0164	0.0736	19.545	20.693	20.396

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	79 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	99 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	131 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	235 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	247 - 300
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	301 - 311
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	312 - 333
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	334 - 354
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	355 - 361
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	80 - 97
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	98 - 130
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	131 - 175
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	176 - 216
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	217 - 243
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	244 - 267
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	268 - 291
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	292 - 333
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	334 - 362

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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