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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t9j | ||||||
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タイトル | Crystal structure HP-NAP from strain YS39 in apo form | ||||||
要素 | Neutrophil-activating protein | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / DODECAMER / FOUR-HELIX BUNDLE (ヘリックスバンドル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Tsuruta, O. / Yokoyama, H. / Fujii, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012 タイトル: A new crystal lattice structure of Helicobacter pylori neutrophil-activating protein (HP-NAP) 著者: Tsuruta, O. / Yokoyama, H. / Fujii, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t9j.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t9j.ent.gz | 32.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t9j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t9j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12|||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19006.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: YS39 / 遺伝子: napA / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G1UIZ3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.1M L-arginine, 20% ethylene glycol, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月1日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 15374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 66.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JI4 解像度: 2.2→19.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.358 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.041 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.203→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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