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- PDB-3t8e: Crystal structure of CerJ from Streptomyces tendae soaked with CerviK -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3t8e | ||||||
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Title | Crystal structure of CerJ from Streptomyces tendae soaked with CerviK | ||||||
![]() | CerJ | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zocher, G. / Bretschneider, T. / Hertweck, C. / Stehle, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: A ketosynthase homolog uses malonyl units to form esters in cervimycin biosynthesis. Authors: Bretschneider, T. / Zocher, G. / Unger, M. / Scherlach, K. / Stehle, T. / Hertweck, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 267.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 227.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37604.203 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.69 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 22.5% PEG 4000, 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 200 mM sodium acetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 10, 2011 |
Radiation | Monochromator: DCCM / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 40949 / Num. obs: 40821 / % possible obs: 99.7 % |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique all: 40821 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.1→29.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.563 / SU ML: 0.103 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.157 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.358 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→29.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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