[日本語] English
万見
- PDB-3t1n: Structure of human MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT domains in c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t1n
タイトルStructure of human MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT domains in complex with a CDC27 phosphopeptide
要素
  • Cdc27 peptide
  • Microcephalin
キーワードCELL CYCLE/Peptide / Tandem BRCT domains / Cell cycle regulation (細胞周期) / DNA repair (DNA修復) / mitosis (有糸分裂) / Phosphorylation (リン酸化) / CELL CYCLE-Peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome condensation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / neuronal stem cell population maintenance ...regulation of chromosome condensation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / neuronal stem cell population maintenance / Phosphorylation of the APC/C / regulation of centrosome cycle / protein K11-linked ubiquitination / protein localization to centrosome / establishment of mitotic spindle orientation / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Condensation of Prophase Chromosomes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / 骨 / 紡錘体 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / cerebral cortex development / spindle / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic cell cycle / regulation of inflammatory response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein phosphatase binding / protein ubiquitination / 細胞分裂 / 中心体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Microcephalin-like / Microcephalin, mammal / Microcephalin protein / twin BRCT domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat ...Microcephalin-like / Microcephalin, mammal / Microcephalin protein / twin BRCT domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / breast cancer carboxy-terminal domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog / Microcephalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Singh, N. / Thompson, J.R. / Mer, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Molecular Basis for the Association of Microcephalin (MCPH1) Protein with the Cell Division Cycle Protein 27 (Cdc27) Subunit of the Anaphase-promoting Complex.
著者: Singh, N. / Wiltshire, T.D. / Thompson, J.R. / Mer, G. / Couch, F.J.
履歴
登録2011年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Microcephalin
B: Microcephalin
C: Cdc27 peptide
D: Cdc27 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0524
ポリマ－45,0524
非ポリマー00
水1,18966
1
A: Microcephalin
C: Cdc27 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5262
ポリマ－22,5262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
2
B: Microcephalin
D: Cdc27 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5262
ポリマ－22,5262
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area640 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.201, 46.506, 55.322
Angle α, β, γ (deg.)86.06, 70.69, 89.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Microcephalin /


分子量: 21949.551 Da / 分子数: 2
断片: C-TERMINAL TANDEM BRCT DOMAINS, UNP RESIDUES 640-835
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCPH1 / プラスミド: PTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 ROSETTA (DE3) / 参照: UniProt: Q8NEM0
#2: タンパク質・ペプチド Cdc27 peptide


分子量: 576.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide corresponding to the last four residues of human Cdc27 (Ser821 to Phe824). Ser821 is phosphorylated.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30260*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 30% PEG 3350, 0.3 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS, PH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→28.71 Å / Num. obs: 10161 / % possible obs: 92.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.29 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T29

1t29


解像度: 2.6→28.71 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 487 4.8 %RANDOM
Rwork0.2307 ---
obs0.2322 10145 92.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.767 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2171 Å21.9508 Å23.6261 Å2
2---2.5597 Å21.058 Å2
3----3.6574 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3015 0 0 66 3081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6694278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4691147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.9760.32191740.30813331X-RAY DIFFRACTION95
2.976-3.74810.28351620.25213015X-RAY DIFFRACTION86
3.7481-28.71120.2281510.19383312X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8042-0.0775-0.79532.6761-0.90571.1842-0.1508-0.06930.065-0.1630.22510.3705-0.2627-0.2207-0.05520.56790.13860.0130.27330.04450.2379-7.17535.36893.8237
24.68920.08520.75393.0710.74973.6792-0.22250.1098-1.1079-0.03610.77960.7280.0033-0.4924-0.28750.2724-0.00360.05810.19850.03880.4752-13.240311.82818.7482
31.769-1.29980.92021.1606-0.67262.16460.0028-0.1550.11690.30560.11930.02850.2502-0.0307-0.1470.25110.0157-0.00890.2333-0.06010.2305-1.30321.98226.0607
41.87750.4598-0.20691.29790.9592.23770.1106-0.04570.16560.27230.13620.1807-0.2695-0.0234-0.16270.2448-0.03870.09070.2466-0.03910.3593-1.32516.61368.0519
52.2459-0.5979-1.55432.27270.82213.69280.2925-0.2390.2728-0.29880.0569-0.09670.05880.1954-0.31530.26330.01370.02830.3085-0.04730.275610.38416.38867.7585
61.09670.25460.11592.39450.45631.4529-0.06460.095-0.0305-0.4350.06820.1343-0.02390.021-0.01640.28870.0284-0.01790.2476-0.06850.250910.1285-14.05552.9095
74.1942.7363-1.33762.0658-1.26280.9842-0.02960.2989-0.3340.73930.1111-0.11260.3487-0.40910.09680.53410.06210.24050.4684-0.01920.468413.7043-27.708812.4195
81.43831.87810.36414.8141-0.89522.0396-1.0625-0.3660.49320.35960.5299-1.2049-0.3248-0.19980.06670.4577-0.00080.06310.2534-0.03860.087312.9265-11.48313.1759
91.49380.5024-0.07141.9132-1.26532.33590.0852-0.1286-0.20150.4193-0.6082-0.49041.1721-0.41970.08820.29660.2189-0.16720.5852-0.05230.298917.9524-11.542515.1333
100.5706-0.3610.28891.8039-0.34196.6550.1978-0.4468-0.20610.01190.2523-0.1152-0.7966-0.0476-0.12830.3175-0.00830.0150.403-0.0690.377720.119524.9381-15.6809
112.9129-0.5629-0.14642.50320.67963.8065-0.54030.63720.0251-0.35640.937-1.0179-0.36321.2105-0.31490.4299-0.11440.00360.34030.05120.593326.420431.0238-19.8222
121.8190.28390.61131.37510.9622.27410.10970.1875-0.1282-0.05710.0021-0.11980.03180.09-0.12710.277-0.0067-0.02640.22950.00410.302116.477622.703-16.8787
130.7452-0.5384-0.211.3885-0.93311.03050.1926-0.05260.1522-0.1506-0.2898-0.12640.19650.10810.04120.27990.03640.02990.204-0.01640.324212.161630.5741-19.3484
141.06611.6906-0.27082.64410.95712.03550.152-0.1144-0.00420.5424-0.1230.166-0.06130.0626-0.05790.2287-0.0380.02740.299-0.02540.24462.91059.8102-13.3043
155.8586-3.6319-2.44912.16961.86164.96080.5380.7806-0.24460.4585-1.0831-0.02330.69260.03410.03650.3774-0.16720.14560.195-0.24260.5003-0.4309-6.9203-22.6587
161.04550.74010.23252.63840.59321.493-0.02050.7011-0.20510.0456-0.09130.2274-0.20440.05130.17470.3582-0.0641-0.0130.4486-0.02020.2407-1.83377.2677-24.9714
175.7134-3.9662.84462.702-1.9511.4212-0.3962-0.3890.18060.523-0.2781-0.1371-0.0703-0.20680.07670.48530.160.05020.48020.03690.4206-1.5233-5.656916.5744
180.65561.1892-0.0772.2054-0.1215-0.0458-0.61060.42310.4125-0.57380.562-0.2218-0.13830.1867-0.03830.34790.06890.06280.36830.09180.394314.633213.5482-27.6766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 644:656)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 657:670)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 671:705)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 706:728)A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 729:745)A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 746:797)A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 798:808)A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 809:822)A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 823:834)A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 645:656)B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 657:670)B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 671:694)B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 695:734)B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 735:794)B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 795:808)B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 809:834)B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C'C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D'D0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る