[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3sz7: Crystal structure of the Sgt2 TPR domain from Aspergillus fumigatus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sz7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the Sgt2 TPR domain from Aspergillus fumigatus | ||||||
Components | Hsc70 cochaperone (SGT) | ||||||
Keywords | CHAPERONE REGULATOR / TPR domain / Cochaperone / Get4 / Get5 / Get3 / Mdy2 / Ssa1 / Sse1 / Hsp104 / Hsc82 | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of chaperone-mediated protein folding / TRC complex / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / protein-serine/threonine phosphatase / : / phosphoprotein phosphatase activity / molecular adaptor activity / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aspergillus fumigatus (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.72 Å | ||||||
Authors | Chartron, J.W. / Gonzalez, G.M. / Clemons Jr., W.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: A structural model of the Sgt2 protein and its interactions with chaperones and the Get4/Get5 complex. Authors: Chartron, J.W. / Gonzalez, G.M. / Clemons, W.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sz7.cif.gz | 71.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3sz7.ent.gz | 53.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sz7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3sz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3sz7 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 2vyiS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
3 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 17268.113 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 109-267 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus fumigatus (mold) / Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Gene: AFUA_1G09830 / Plasmid: pET33b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q4WTC0, protein-serine/threonine phosphatase |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.62 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 25% PEG 1500, 0.1M MES, Malic acid, Tris, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.72→26.535 Å / Num. all: 15756 / Num. obs: 15756 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB Entry 2VYI Resolution: 1.72→25.397 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / Phase error: 19.5 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.22 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.2 Å2 / Biso mean: 27.115 Å2 / Biso min: 8.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→25.397 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|