PDB-3svt: Structure of a short-chain type dehydrogenase/reductase from Myco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3svt

タイトル

Structure of a short-chain type dehydrogenase/reductase from Mycobacterium ulcerans

要素

Short-chain type dehydrogenase/reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium ulcerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3svt.cif.gz	209.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3svt.ent.gz	167.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3svt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3svt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3svt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3u0bC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 1fmcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uvd-2 1zem-1 2ztl-d 3wtc-1 3osu-1 5ics-d 6zzp-1 4nbw-d 2ztm-d 2q2q-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyulA.00414.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Short-chain type dehydrogenase/reductase

B: Short-chain type dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain type dehydrogenase/reductase

B: Short-chain type dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

A: Short-chain type dehydrogenase/reductase

B: Short-chain type dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.185, 64.542, 118.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Short-chain type dehydrogenase/reductase 分子量: 29384.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア) 株: Agy99 / 遺伝子: MUL_4042 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PUS8, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 40% PEG300, 0.1 M cacodylate, pH 6.5, 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月28日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→42.62 Å / Num. obs: 32329 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.032 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	4.5	0.406	1625	1.052	1	99.8
2.03-2.07	4.5	0.412	1589	1.068	1	99.8
2.07-2.11	4.5	0.374	1580	1.071	1	99.4
2.11-2.15	4.5	0.309	1608	1.061	1	99.6
2.15-2.2	4.6	0.284	1606	0.995	1	99.9
2.2-2.25	4.5	0.261	1599	1.051	1	99.7
2.25-2.31	4.5	0.236	1626	1.055	1	99.6
2.31-2.37	4.6	0.206	1597	1.036	1	99.8
2.37-2.44	4.6	0.182	1617	1.072	1	99.9
2.44-2.52	4.6	0.158	1623	1.044	1	99.6
2.52-2.61	4.6	0.148	1623	1.041	1	99.8
2.61-2.71	4.6	0.148	1608	1.057	1	99.6
2.71-2.84	4.5	0.122	1607	1.002	1	99.4
2.84-2.99	4.4	0.113	1616	1.015	1	98.4
2.99-3.17	4.3	0.099	1595	0.967	1	97.7
3.17-3.42	4.2	0.085	1619	0.99	1	97.6
3.42-3.76	4	0.074	1574	1.029	1	96
3.76-4.31	3.9	0.058	1575	0.979	1	94.1
4.31-5.43	4.1	0.046	1646	0.985	1	97.5
5.43-50	4.4	0.033	1796	1.039	1	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 58.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	43.71 Å
Translation	2.5 Å	43.71 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FMC

1fmc

解像度: 2→42.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.2295 / WR_factor R_work: 0.1906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8531 / SU B: 9.702 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.2019 / SU R_free: 0.1652 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2193	1624	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1811	-	-	-
obs	0.1831	32144	98.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.83 Å² / B_iso mean: 30.4182 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3939	0	2	194	4135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.943	5463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.066	3	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.243	5	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.998	23.459	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.594	15	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.243	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.643	1.5	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.145	1.5	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.128	2	4253
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.975	3	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.026	4.5	1209

LS精密化シェル

解像度: 1.996→2.048 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	100	-
R_work	0.213	2209	-
all	-	2309	-
obs	-	-	96.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1356	0.3347	0.2672	1.0109	0.2517	2.0005	-0.0073	-0.0044	0.1521	-0.0713	-0.0165	0.1231	-0.1098	-0.1398	0.0238	0.1028	0.025	-0.0376	0.1138	0.0277	0.1265	44.2885	21.1199	71.8945
2	1.5268	0.3001	0.1717	2.0153	-0.0573	1.1599	-0.0092	0.1021	0.1603	-0.1945	0.0117	0.171	-0.0363	-0.1285	-0.0025	0.1323	0.005	-0.038	0.1166	0.0282	0.0933	49.8238	22.1079	67.3716
3	0.2854	1.0059	0.1869	6.1302	0.7301	0.2172	-0.0205	0.0428	0.0262	-0.1847	0.0158	0.3474	0.0358	-0.042	0.0047	0.1241	-0.0165	-0.013	0.1102	0.0059	0.1234	56.7332	4.6098	67.9915
4	0.1682	-0.1608	-0.1288	0.6497	0.0081	0.3445	0.0055	0.0282	-0.0571	-0.0213	-0.0306	0.1311	0.0407	-0.086	0.0252	0.0833	-0.0038	-0.0153	0.1023	-0.0007	0.1015	50.007	3.3579	81.5794
5	1.5147	0.3457	-0.7461	3.2125	0.4281	3.1921	0.0177	0	0.1552	0.0972	-0.0167	0.1109	-0.4639	-0.0678	-0.001	0.2375	0.0414	0.0297	0.0445	-0.0495	0.1101	48.2665	23.6578	108.6747
6	1.5134	-0.4843	0.0866	2.766	0.1962	1.352	-0.0702	-0.0715	0.0945	0.2238	-0.0209	0.1382	-0.271	-0.1216	0.0911	0.1466	0.0362	0.0398	0.0911	-0.0317	0.0621	44.9996	18.1811	113.8516
7	32.8903	-11.1178	-2.0167	3.7608	0.6824	0.1246	-0.5129	-1.1755	0.9267	0.2103	0.484	-0.2871	0.0247	0.0696	0.0289	0.4441	0.1383	-0.0635	0.5232	-0.0901	0.5795	68.5416	11.2859	110.7902
8	0.3615	-0.071	0.1993	0.4415	-0.0781	0.5733	-0.0093	-0.0262	0.0223	0.0707	0.0002	-0.0129	-0.0618	0.0161	0.0091	0.1299	0.0058	0.0184	0.1029	-0.0201	0.1031	57.0285	6.7974	105.6184
9	0.5948	-0.2094	0.0295	0.6849	-0.1013	0.3251	-0.0485	-0.0516	0.0984	0.1172	0.0036	-0.1682	-0.074	0.0916	0.0449	0.1122	-0.0058	-0.022	0.1112	-0.0146	0.1078	67.5092	15.5995	97.3888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	138 - 277
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	50 - 94
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	95 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	103 - 195
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	196 - 276

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)