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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sr9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse PTPsigma | ||||||
要素 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / tyrosine phosphatase (プロテインチロシンホスファターゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / : / : / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / Synaptic adhesion-like molecules / negative regulation of interferon-alpha production / : / chondroitin sulfate binding / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration ...negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / : / : / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / Synaptic adhesion-like molecules / negative regulation of interferon-alpha production / : / chondroitin sulfate binding / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / establishment of endothelial intestinal barrier / negative regulation of dendritic spine development / synaptic membrane adhesion / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / negative regulation of interferon-beta production / heparan sulfate proteoglycan binding / spinal cord development / phosphoprotein phosphatase activity / regulation of presynapse assembly / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / protein dephosphorylation / cerebellum development / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / hippocampus development / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / cerebral cortex development / negative regulation of neuron projection development / heparin binding / 成長円錐 / perikaryon / 神経繊維 / glutamatergic synapse / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Hou, L. / Li, J. / Ding, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Biochim.Biophys.Sin. / 年: 2011 タイトル: Structural insights into the homology and differences between mouse protein tyrosine phosphatase-sigma and human protein tyrosine phosphatase-sigma 著者: Hou, L. / Wang, J. / Zhou, Y. / Li, J. / Zang, Y. / Li, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sr9.cif.gz | 127.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sr9.ent.gz | 97.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sr9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3sr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/3sr9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2fh7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67207.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1326-1901 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptprs / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLys 参照: UniProt: B0V2N1, プロテインチロシンホスファターゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 15% polyethylene glycol 3350, 0.08M malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22320 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2FH7 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 150.37 Å2 / Biso mean: 62.5058 Å2 / Biso min: 19.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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