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Yorodumi- PDB-3slg: Crystal structure of PbgP3 protein from Burkholderia pseudomallei -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3slg | ||||||
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Title | Crystal structure of PbgP3 protein from Burkholderia pseudomallei | ||||||
Components | PbgP3 protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / melioidosis / glanders / NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia pseudomallei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of PbgP3 protein from Burkholderia pseudomallei Authors: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3slg.cif.gz | 762 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3slg.ent.gz | 628.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3slg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3slg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1z7eS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41954.629 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia pseudomallei (bacteria) / Strain: 1710b / Gene: BURPS1710b_2404 / Plasmid: pAVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q3JRK4 #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: protein at 8.2 mg/mL against PACT screen condition C10, 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes, 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.9774 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 129532 / Num. obs: 128239 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 34.447 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 51.88 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1z7e Resolution: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.1933 / WRfactor Rwork: 0.1595 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8531 / SU B: 10.538 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.2031 / SU Rfree: 0.1734 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.173 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.83 Å2 / Biso mean: 30.9176 Å2 / Biso min: 6.09 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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