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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sk9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Thermus thermophilus cas3 HD domain | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein TTHB187 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bailey, S. / Mulepati, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Analysis of Nuclease Domain of Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat (CRISPR)-associated Protein 3 (Cas3). Authors: Mulepati, S. / Bailey, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 141.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 114.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29722.994 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.99 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: PEG 300, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.798→39.691 Å / Num. all: 23815 / Num. obs: 23815 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 11.7 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 22.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | FOM : 0.72 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.72 / Reflection: 733 / Reflection acentric: 397 / Reflection centric: 336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Phasing MIR | Resolution: 2.5→20 Å / FOM: 0.51 / Reflection: 8978 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MIR der |
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Phasing MIR der site |
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Phasing MIR shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.429 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.6 Å2 / Biso mean: 32.6815 Å2 / Biso min: 14.31 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→39.691 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 27.4364 Å / Origin y: 40.1666 Å / Origin z: 16.4034 Å
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Refinement TLS group | Selection details: chain A |