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- PDB-3sk9: Crystal structure of the Thermus thermophilus cas3 HD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sk9
タイトルCrystal structure of the Thermus thermophilus cas3 HD domain
要素Putative uncharacterized protein TTHB187
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CRISPR (CRISPR) / CAS / HD domain / nuclease (ヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical protein af1432 - #30 / Cas3, C-terminal / Cas3 C-terminal domain / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / Hypothetical protein af1432 / DEAD-like helicases superfamily ...Hypothetical protein af1432 - #30 / Cas3, C-terminal / Cas3 C-terminal domain / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / Hypothetical protein af1432 / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease/helicase Cas3
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bailey, S. / Mulepati, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of Nuclease Domain of Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat (CRISPR)-associated Protein 3 (Cas3).
著者: Mulepati, S. / Bailey, S.
履歴
登録2011年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Data collection
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32011年10月19日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein TTHB187


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7231
ポリマ－29,7231
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.638, 48.638, 206.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein TTHB187


分子量: 29722.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB187 / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7EXPRESS / 参照: UniProt: Q53VY2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PEG 300, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→39.691 Å / Num. all: 23815 / Num. obs: 23815 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.7 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.910.70.4951.63479232510.49596.4
1.9-2.0111.50.3262.33727832450.326100
2.01-2.1511.70.1864.13558530350.186100
2.15-2.3212.60.1325.43578428500.132100
2.32-2.5412.30.0987.63243926410.098100
2.54-2.8412.40.0779.42987024140.077100
2.84-3.2812.40.0611.92652921420.06100
3.28-4.02110.044152039418470.04499.8
4.02-5.6911.60.03817.91714314780.038100
5.69-39.546100.0320.791399120.0399.7

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing dmFOM : 0.72 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.72 / 反射: 733 / Reflection acentric: 397 / Reflection centric: 336
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-19.9870.750.750.76443220223
4.5-7.10.680.70.65290177113
3.6-4.5
3.1-3.6
2.7-3.1
2.5-2.7
Phasing MIR解像度: 2.5→20 Å / FOM: 0.51 / 反射: 8978
Phasing MIR der
IDDer set-ID
11
21
31
41
Phasing MIR der site
IDDer-IDBiso (Å)Atom type symbolFract xFract yFract zOccupancy
1160Pt0.46290.20230.8830.3233
1260Pt0.44560.52640.97210.2253
1346.6837Pt0.40170.23830.8910.2109
149.2574Pt0.41680.51720.85940.0816
2134.0627Os0.560.53030.02520.3251
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
8.52-200.74536
5.54-8.520.67785
4.38-5.540.55969
3.74-4.380.491139
3.31-3.740.491255
3-3.310.481343
2.77-30.451450
2.58-2.770.41501

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.15位相決定
PHENIX1.6_288精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→39.691 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.9003 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.41 / 位相誤差: 17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 2195 5.03 %
Rwork0.1669 --
obs0.1683 -99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.429 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.6 Å2 / Biso mean: 32.6815 Å2 / Biso min: 14.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8461 Å2-0 Å20 Å2
2---1.8461 Å2-0 Å2
3---3.6922 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 0 105 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4252565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.082687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.83910.24191060.212569267599
1.8391-1.88190.21711480.200725892737100
1.8819-1.9290.24441170.19626182735100
1.929-1.98110.23281350.181425892724100
1.9811-2.03940.23571650.162225902755100
2.0394-2.10530.19671330.15962569270299
2.1053-2.18050.17221470.152525712718100
2.1805-2.26780.22471240.161326132737100
2.2678-2.3710.18871130.163426412754100
2.371-2.4960.21831630.159625482711100
2.496-2.65230.19361700.156525952765100
2.6523-2.85710.16151650.154725752740100
2.8571-3.14450.18421250.166125762701100
3.1445-3.59920.19281370.160725942731100
3.5992-4.53360.16291250.15226072732100
4.5336-39.70020.21751220.1826192741100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.4364 Å / Origin y: 40.1666 Å / Origin z: 16.4034 Å
111213212223313233
T0.1008 Å2-0.0015 Å2-0.0114 Å2-0.0937 Å20.0033 Å2--0.0959 Å2
L0.7418 °20.1495 °20.0314 °2-0.2703 °20.1676 °2--0.4803 °2
S-0.004 Å °0.0387 Å °-0.0068 Å °0.0095 Å °-0.0082 Å °0.0133 Å °0.0138 Å °-0.0395 Å °0.0122 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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