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- PDB-3sfp: Crystal Structure of the Mono-Zinc-boundform of New Delhi Metallo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sfp
タイトルCrystal Structure of the Mono-Zinc-boundform of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1 from Klebsiella pneumoniae
要素Beta-lactamase NDM-1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta-beta-alpha sandwich / periplasmic (ペリプラズム) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI (脳震盪)
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / ペリプラズム / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Binkowski, T.A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure of Apo- and Monometalated Forms of NDM-1 A Highly Potent Carbapenem-Hydrolyzing Metallo-beta-Lactamase
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Mire, J. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32011年9月28日Group: Database references
改定 1.42012年3月28日Group: Database references
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase NDM-1
B: Beta-lactamase NDM-1
C: Beta-lactamase NDM-1
D: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,40723
ポリマ－100,4014
非ポリマー2,00619
水5,837324
1
A: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6426
ポリマ－25,1001
非ポリマー5425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6426
ポリマ－25,1001
非ポリマー5425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6737
ポリマ－25,1001
非ポリマー5736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4504
ポリマ－25,1001
非ポリマー3503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子

D: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,09210
ポリマ－50,2002
非ポリマー8918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+3/41
Buried area2750 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
6
C: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子

B: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,31513
ポリマ－50,2002
非ポリマー1,11511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+3/41
Buried area3660 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.944, 97.944, 187.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細There are four copies in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 / Metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 25100.152 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 39-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: C7C422, Β-ラクタマーゼ

-
非ポリマー , 6種, 343分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.7 M Ammonium sulfate, 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) Glycerol, 10 mM zinc chloride, 10 mM citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.2825 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2825 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. all: 42642 / Num. obs: 42642 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.32 Å2 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2066 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_761)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.27→46.406 Å / SU ML: 0.68 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2135 5.03 %random
Rwork0.181 ---
all0.183 42468 --
obs0.183 42468 98.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.352 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2811 Å20 Å2-0 Å2
2--4.2811 Å20 Å2
3----8.5623 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→46.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6876 0 112 324 7312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3319793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3732504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2702-2.3230.28541590.23592585274498
2.323-2.38110.30081510.2282632278399
2.3811-2.44550.28111400.214526342774100
2.4455-2.51740.26771410.19482688282999
2.5174-2.59870.24061380.188526452783100
2.5987-2.69150.25361190.17542685280499
2.6915-2.79930.24511470.19022675282299
2.7993-2.92670.2561490.19012629277899
2.9267-3.08090.25411390.19762690282999
3.0809-3.27390.23021390.17832701284099
3.2739-3.52660.24791470.179227062853100
3.5266-3.88140.25471370.175727292866100
3.8814-4.44260.19841530.149327442897100
4.4426-5.59570.19751360.150327792915100
5.5957-46.41570.19441400.19192811295194
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78930.6342-2.46058.3339-3.18477.7603-0.1987-0.28890.02590.8470.1443-0.4207-0.22380.10950.06290.24290.0613-0.03510.2927-0.04720.123267.382429.204896.6601
21.6943-0.65170.46682.9991-0.00632.3716-0.1554-0.49430.05330.37410.22060.1444-0.1505-0.1883-0.05870.15510.06130.01610.2536-0.03280.172358.223331.482192.5923
31.2268-0.24531.01010.0517-0.60697.4943-0.0231-0.5224-0.19260.2848-0.09310.24351.0103-0.82710.10290.266-0.01080.0450.37770.00880.288647.383132.030683.3546
41.9877-0.9189-0.12271.82130.69112.1542-0.0490.0688-0.08040.1426-0.10410.12380.2629-0.16770.13930.1555-0.03720.00830.15790.01680.130160.209627.370274.5465
51.687-0.9989-0.16454.081-0.73882.2393-0.1651-0.19640.04920.12140.10660.0917-0.1415-0.19060.07190.13710.0038-0.00780.2026-0.03810.121158.046279.28994.9045
61.981-1.04150.29411.71940.31972.0176-0.03010.0683-0.03240.1159-0.0840.1290.1751-0.19870.11580.1653-0.0440.03490.17950.01650.140758.089576.543377.1259
73.0252-0.3137-1.86317.3424-2.54448.2908-0.1484-0.64530.13980.7611-0.009-0.54770.20240.34110.19650.24470.0515-0.07820.3392-0.06250.22519.167329.619898.5492
85.80032.8019-1.13115.5614-1.27233.01520.0025-0.2122-1.1480.00690.2156-0.06910.3026-0.4254-0.17510.19980.00730.00510.31710.11870.427810.199221.671593.2764
92.0735-0.0174-0.02693.00840.08361.744-0.0896-0.34520.09920.10060.1102-0.1025-0.17560.0554-0.02770.1708-0.032-0.01670.2553-0.04110.235611.301133.367990.7694
102.0680.24241.50014.41980.07322.9428-0.1137-0.76270.21420.79680.07450.0669-0.0574-0.3619-0.00660.22570.0597-0.00320.4-0.11630.24328.976736.982197.3593
111.83611.3209-0.3221.80440.68843.42240.0155-0.3056-0.3044-0.2629-0.42020.38420.1867-1.12680.32880.2947-0.0298-0.02960.4846-0.05330.24941.21732.028988.7941
124.7613-0.4222-0.87151.86921.74224.59720.1708-0.1130.49870.123-0.11820.1917-0.1495-0.68690.00060.1880.0665-0.03050.2699-0.04640.19350.829935.51377.8665
132.3274-0.78020.38772.6980.32052.61770.1387-0.0221-0.03660.1407-0.24830.04930.1442-0.14460.10970.1762-0.0056-0.00510.25380.01760.205111.533128.373577.0611
141.5483-0.57090.7622.4883-0.65065.13460.16060.0681-0.0860.2944-0.25480.10650.04630.35570.16320.22550.03270.05390.22780.01070.165318.652626.116877.3979
154.80910.8741-0.13719.53281.3687.61110.07980.661-0.1825-0.7083-0.17870.01830.7394-0.15120.14220.27830.02620.0430.3116-0.00560.181117.680517.113171.2208
160.94230.1274-1.26274.2251-1.71954.1220.036-0.43040.0250.4032-0.2386-0.4353-0.11640.61990.09390.16850.0322-0.08260.2765-0.02620.264419.503977.6344101.162
173.53140.85820.33143.8418-0.66052.57590.0099-0.1665-0.1318-0.17-0.05720.1133-0.0129-0.02860.07190.15090.00630.01120.1961-0.02790.169110.463176.667994.23
182.4124-0.55160.25411.5507-0.49514.1275-0.1239-0.1360.0597-0.0637-0.06520.2888-0.2766-0.67970.190.16640.0406-0.01250.2097-0.04210.22475.329182.925596.4122
194.5628-0.3524-1.05091.39090.97044.88910.00350.07850.0465-0.0171-0.16070.0546-0.0617-0.43370.15220.18910.0661-0.04440.2516-0.00710.16460.417384.153380.5764
201.3693-1.1570.52792.51650.62843.28240.17670.1696-0.0739-0.1096-0.29170.05750.1192-0.18830.09370.16360.01130.00050.27510.01740.172911.117977.011379.4957
211.3759-1.35160.88221.9711-0.20894.73720.07450.1199-0.07640.1907-0.29440.02190.10840.39760.29950.2380.020.0110.28190.01350.148118.269274.821479.7168
226.78712.1921-0.04572.0141.47847.51940.14190.6129-0.2536-0.59190.06510.08940.67130.0405-0.25240.30110.0834-0.03970.25850.00050.200817.545865.829673.0084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 40:57)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 58:118)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 119:152)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 153:270)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 40:137)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 138:270)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 40:57)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 58:71)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 72:94)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 95:118)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 119:137)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 138:170)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 171:228)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 229:255)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 256:270)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 39:57)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resseq 58:94)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resseq 95:137)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resseq 138:170)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resseq 171:228)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resseq 229:255)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 256:270)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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