PDB-3s6z: Structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s6z

タイトル

Structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with alpha-2,8-disialyllactose

要素

Outer capsid protein sigma-1

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / triple beta-spiral /

beta-barrel (Βバレル) / beta-spiral repeat / greek key motif / trimer / Viral attachment protein / sialic acid receptor Junctional adhesion molecule A /

Viral capsid (カプシド)

機能・相同性

機能・相同性情報

viral outer capsid /

細胞接着 / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

Reovirus type 3 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Reiter, D.M. / Dermody, T.S. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with sialylated oligosaccharides
著者: Reiter, D.M. / Frierson, J.M. / Halvorson, E.E. / Kobayashi, T. / Dermody, T.S. / Stehle, T.

履歴

登録	2011年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s6z.cif.gz	365.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s6z.ent.gz	299.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s6xC 3s6yC 1kke 2oj5 3eoy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s6y-d 3s6x-d 2c3f-1 6h3a-d 2yx2-1 2yvv-1 4371 2c3f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Outer capsid protein sigma-1

B: Outer capsid protein sigma-1

C: Outer capsid protein sigma-1

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.150, 333.180, 58.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Outer capsid protein sigma-1 / Sigma1 / Cell attachment protein / Hemagglutinin

分子量: 35360.777 Da / 分子数: 3 / 断片: Head and body, residues 170-445 / 変異: T249I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Reovirus type 3 (ウイルス) / 株: Dearing / 遺伝子: S1 / プラスミド: PQE-80L / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: P03528

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 762.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-2/a3-b2_b8-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% PEG200, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9755 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9755 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→48.058 Å / Num. all: 78294 / Num. obs: 75918 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.61

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.28-2.34	0.435	3.17	1	98.9
2.34-2.4	0.353	3.75	1	98.7
2.4-2.47	0.313	4.35	1	98.2
2.47-2.55	0.259	5.23	1	98.3
2.55-2.63	0.198	6.67	1	98.5
2.63-2.73	0.159	8.15	1	98.1
2.73-2.83	0.123	10.27	1	97.7
2.83-2.94	0.097	12.59	1	97.7
2.94-3.07	0.077	15.58	1	97.5
3.07-3.22	0.06	19.45	1	97
3.22-3.4	0.05	22.81	1	97
3.4-3.61	0.039	27.5	1	95.7
3.61-3.85	0.033	31.91	1	96
3.85-4.16	0.029	34.83	1	94.6
4.16-4.56	0.024	41.18	1	94.8
4.56-5.1	0.023	43.17	1	94.5
5.1-5.89	0.022	43.34	1	93.6
5.89-7.21	0.02	48.27	1	95.1
7.21-10.2	0.017	56.78	1	93.5
10.2-48.058	0.014	63.27	1	87.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.397 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.6 / Cor.coef. Io to Ic: 0.605

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	15 Å
Translation	3 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
AMoRE		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→48.058 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.68 / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2194	3828	5.04 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1753	75914	96.03 %
all	-	78294	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.685 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.2371 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.8497 Å²	-0 Å²
3-	-	-	9.0868 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.058 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6663	0	104	715	7482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	9454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.909	2513
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1100
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1226

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.361	0.2972	348	0.2517	6568	X-RAY DIFFRACTION	89
2.361-2.4556	0.3131	389	0.2408	7282	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4556-2.5673	0.311	389	0.2343	7293	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5673-2.7027	0.2585	392	0.1886	7279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7027-2.872	0.2103	375	0.1616	7281	X-RAY DIFFRACTION	98
2.872-3.0937	0.2065	382	0.1578	7326	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0937-3.4049	0.2202	374	0.172	7248	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4049-3.8974	0.2041	395	0.1608	7217	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8974-4.9096	0.1765	397	0.1299	7166	X-RAY DIFFRACTION	94
4.9096-48.0689	0.2117	387	0.1867	7426	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2799	-0.7341	-0.0315	4.1817	-0.0688	2.1132	0.0869	-0.0214	-0.5191	-0.1429	-0.1134	-0.1501	0.2827	-0.0003	0.0623	0.1592	-0.0674	-0.0141	0.2042	0.0039	0.3343	32.5	230.0565	13.5065
2	0.7865	0.3246	0.0846	0.2857	0.0855	0.025	0.0381	-0.0718	-0.2143	-0.0071	-0.1254	0.0938	0.3376	-0.0889	-0.0543	1.3169	-0.077	0.0089	0.2905	0.0211	1.3582	22.9507	168.8957	11.9936
3	1.1024	0.3649	-0.0174	2.0322	0.0121	1.2471	-0.0206	-0.0296	0.2433	-0.1623	0.0203	0.1637	-0.1361	-0.1646	0.0069	0.0981	0.0151	-0.0123	0.1812	0.0284	0.1333	11.5826	96.8815	18.318
4	1.5388	1.2888	-0.0951	3.0232	0.6258	2.2406	0.0566	0.0072	-0.4209	-0.3416	-0.082	0.0984	0.1609	-0.0246	0.0822	0.1694	0.0099	-0.0976	0.1713	-0.0173	0.2975	32.0255	232.6231	9.5842
5	0.1635	0.0138	0.1479	0.0021	0.0112	0.1331	0.0085	-0.0383	-0.0978	-0.0139	-0.1209	0.014	0.1116	0.0112	-0.2564	1.03	-0.1321	-0.022	0.1616	0.0707	1.0508	26.8563	166.7022	12.5671
6	1.6079	-0.267	0.0374	1.8406	-0.234	1.4906	-0.0596	-0.188	0.1421	0.1324	0.0535	0.011	-0.1246	0.1738	0.0077	0.0981	-0.0045	-0.0081	0.1953	-0.0219	0.0913	32.2267	97.2074	25.4053
7	1.1939	0.5655	-0.4021	3.2704	-1.2827	1.8544	0.1003	-0.0182	-0.5438	-0.2978	-0.1896	0.2385	0.2769	-0.096	0.1045	0.1904	-0.0114	-0.0927	0.2686	-0.0146	0.447	28.0509	230.235	11.7446
8	0.3174	-0.0322	0.0006	0.1963	0.0236	0.362	0.0603	-0.0037	-0.0676	-0.0237	-0.0865	0.0318	0.0714	-0.0022	0.2418	1.296	-0.1274	-0.0066	0.263	0.0515	1.3112	25.1118	166.7945	8.7927
9	1.2609	-0.1793	-0.0984	1.6359	0.4623	1.194	-0.0607	0.2954	0.1797	-0.2239	0.113	-0.1229	-0.2157	0.1235	-0.0463	0.1641	-0.0648	-0.0007	0.2532	0.0335	0.1244	27.6223	96.3796	3.5967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 166:237)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 238:287)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 288:455)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 161:237)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 238:291)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 292:455)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 165:239)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 240:288)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 289:455)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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