PDB-3s6y: Structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s6y

タイトル

Structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with alpha-2,6-sialyllactose

要素

Outer capsid protein sigma-1

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / triple beta-spiral /

beta-barrel (Βバレル) / beta-spiral repeat / greek key motif / trimer / Viral attachment protein / sialic acid receptor Junctional adhesion molecule A /

Viral capsid (カプシド)

機能・相同性

機能・相同性情報

viral outer capsid /

細胞接着 / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

Reovirus type 3 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Reiter, D.M. / Dermody, T.S. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with sialylated oligosaccharides
著者: Reiter, D.M. / Frierson, J.M. / Halvorson, E.E. / Kobayashi, T. / Dermody, T.S. / Stehle, T.

履歴

登録	2011年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s6y.cif.gz	360.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s6y.ent.gz	294.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s6xC 3s6zC 1kke 2oj5 3eoy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s6z-d 3s6x-d 2c3f-1 4371 2yx2-1 5yu5-d 2yvv-1 2c3f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer capsid protein sigma-1

B: Outer capsid protein sigma-1

C: Outer capsid protein sigma-1

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.150, 333.180, 58.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Outer capsid protein sigma-1 / Sigma1 / Cell attachment protein / Hemagglutinin

分子量: 35360.777 Da / 分子数: 3 / 断片: Head and body, residues 170-445 / 変異: T249I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Reovirus type 3 (ウイルス) / 株: Dearing / 遺伝子: S1 / プラスミド: PQE-80L / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: P03528

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-lactose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸 /

シアル酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% PEG200, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月4日

放射

モノクロメーター: Si 111 Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.79→48.06 Å / Num. all: 43217 / Num. obs: 43203 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 18.58

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.79-2.87	0.549	5.01	1	100
2.87-2.95	0.462	6.1	1	100
2.95-3.04	0.375	7.58	1	100
3.04-3.13	0.309	8.82	1	100
3.13-3.23	0.254	10.79	1	100
3.23-3.35	0.216	12.24	1	100
3.35-3.47	0.173	14.25	1	100
3.47-3.61	0.14	16.91	1	100
3.61-3.78	0.123	19.04	1	100
3.78-3.96	0.104	21.35	1	100
3.96-4.17	0.093	23.42	1	100
4.17-4.43	0.077	26.93	1	100
4.43-4.73	0.071	28.82	1	100
4.73-5.11	0.069	29.94	1	100
5.11-5.6	0.07	29.7	1	100
5.6-6.26	0.067	30.51	1	100
6.26-7.23	0.063	31.7	1	99.9
7.23-8.85	0.055	37.83	1	100
8.85-12.52	0.048	42.77	1	99.9
12.52-48.058	0.037	46.64	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.79→48.058 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.74 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	2188	5.07 %
R_work	0.1584	-	-
obs	0.161	43194	98.65 %
all	-	43217	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.673 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.8358 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.6892 Å²	0 Å²
3-	-	-	16.6881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→48.058 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6648	0	107	429	7184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6927
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.149	9457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.097	2517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1104
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1225

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.79-2.8854	0.2927	185	0.2179	3506	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8854-3.0009	0.2214	212	0.1737	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0009-3.1375	0.241	210	0.1641	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1375-3.3029	0.2262	218	0.1566	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3029-3.5098	0.2409	227	0.1551	4115	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5098-3.7806	0.1895	222	0.1466	4116	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7806-4.1609	0.1915	229	0.1429	4166	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1609-4.7625	0.1824	230	0.1259	4152	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7625-5.9985	0.1788	222	0.1453	4209	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9985-48.0653	0.2315	233	0.202	4457	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2828	0.1874	0.0368	2.6576	-0.0726	1.6476	0.0849	0.0819	-0.3771	0.1663	-0.1192	0.1405	0.3337	-0.0651	0.0363	0.1661	0.0559	0.0071	0.1623	-0.0528	0.2868	-34.1703	63.3054	15.4245
2	0.613	0.1189	0.1743	0.7524	0.0338	0.0475	-0.0323	0.0634	-0.2879	-0.0149	-0.1249	0.0821	0.5479	0.0641	-0.0775	1.0411	0.1578	-0.0111	0.2519	-0.0361	1.1821	-23.3316	2.4264	17.0777
3	1.3116	-0.1141	0.0729	0.5845	-0.0379	1.3116	-0.0476	-0.0365	0.2539	0.0799	0.106	-0.1409	-0.2135	0.2167	-0.0363	0.0828	-0.0266	0.027	0.1934	-0.1031	0.078	-9.7604	-69.4892	10.8278
4	1.9802	-0.6807	-0.1844	1.4848	-0.1065	1.7599	-0.0266	-0.008	-0.3993	0.3823	0.0638	0.1316	0.186	0.0822	0.0212	0.2297	0.0185	-0.1282	0.129	-0.0333	0.1708	-33.834	66.3643	19.5235
5	0.2698	-0.1377	0.29	1.318	-0.1687	0.3085	-0.14	-0.0505	-0.3445	0.0949	-0.1296	-0.1106	0.3054	0.0746	0.112	1.2394	0.195	-0.0955	0.3048	-0.0678	1.2537	-27.0735	0.2232	16.4417
6	1.4644	0.0133	0.0397	0.7169	-0.0444	1.3189	-0.0362	0.1904	0.1256	-0.0568	0.1224	-0.0161	-0.0831	-0.1535	-0.0628	0.0183	-0.0085	0.0173	0.1636	-0.0001	0.115	-30.5761	-69.2881	3.8556
7	1.0758	-0.335	-0.4032	3.6525	0.8987	1.7435	0.0922	0.0925	-0.393	0.0477	-0.1521	-0.0865	0.2564	0.1422	0.0949	0.2517	0.0802	-0.0888	0.2469	-0.0081	0.3661	-29.6954	63.9507	17.4755
8	0.1085	-0.2132	0.1211	1.2181	-0.0156	0.1943	0.1431	-0.0793	-0.179	0.2523	-0.086	-0.1274	0.1062	0.0875	0.0254	1.4296	0.1642	-0.0782	0.3531	-0.0403	1.4627	-25.3122	0.3552	20.2044
9	1.339	-0.0008	-0.0877	0.5536	-0.5044	1.5623	-0.0448	-0.2886	0.2951	0.3005	0.0876	0.0597	-0.2002	-0.0941	-0.0163	0.2021	0.082	-0.0003	0.254	-0.0615	0.1201	-25.9419	-70.0535	25.5012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 166:237)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 238:287)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 288:455)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 161:237)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 238:291)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 292:455)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 165:239)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 240:288)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 289:455)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)