PDB-3s4y: Crystal structure of human thiamin pyrophosphokinase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s4y

タイトル

Crystal structure of human thiamin pyrophosphokinase 1

要素

Thiamin pyrophosphokinase 1

Thiamine diphosphokinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

kinase (キナーゼ) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

thiamine-containing compound metabolic process /

thiamine diphosphokinase / Vitamin B1 (thiamin) metabolism /

thiamine diphosphokinase activity /

thiamine binding / thiamine metabolic process / thiamine diphosphate biosynthetic process /

kinase activity /

ATP binding / identical protein binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shen, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Li, Y. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human thiamin pyrophosphokinase 1
著者: Shen, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Li, Y. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.

履歴

登録	2011年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s4y.cif.gz	212.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s4y.ent.gz	168.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/3s4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/3s4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cnt-d 4ech-d 1z6l-d 1tzj-d 3bi5-d 4l6p-d 5unh-d 3nt7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiamin pyrophosphokinase 1

B: Thiamin pyrophosphokinase 1

ヘテロ分子

57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiamin pyrophosphokinase 1

B: Thiamin pyrophosphokinase 1

ヘテロ分子

A: Thiamin pyrophosphokinase 1

B: Thiamin pyrophosphokinase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.700, 97.390, 63.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.080, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-249- UNX

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Thiamin pyrophosphokinase 1 / Thiamine diphosphokinase / hTPK1 / Placental protein 20 / PP20 / Thiamine pyrophosphokinase 1 分子量: 27923.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPK1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H3S4, thiamine diphosphokinase

#1: タンパク質

Thiamin pyrophosphokinase 1 /

Thiamine diphosphokinase / hTPK1 / Placental protein 20 / PP20 / Thiamine pyrophosphokinase 1

分子量: 27923.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPK1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H3S4,

thiamine diphosphokinase

-
非ポリマー , 5種, 332分子

#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% peg-3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate. 0.02M ATP, 0.004M magnesium chloride were added to the protein stock solution, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→29.587 Å / Num. obs: 48623 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 29.513 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 45.23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.8-1.85		0.479	6.3	49251	3578	99.9
1.85-1.9		0.366	8.3	48817	3505	99.7
1.9-1.95		0.271	11	47424	3384	99.9
1.95-2.01		0.206	14.3	46828	3295	99.9
2.01-2.08		0.169	17.2	46057	3225	99.8
2.08-2.15		0.141	20.4	44447	3087	99.9
2.15-2.23		0.11	25.3	43179	2984	99.7
2.23-2.32		0.091	29.7	42246	2899	99.9
2.32-2.43		0.076	35.6	40152	2740	99.8
2.43-2.55		0.065	40.9	38795	2640	99.8
2.55-2.68		0.053	49	36954	2504	99.8
2.68-2.85		0.043	59.5	35504	2396	99.8
2.85-3.04		0.034	72.1	33084	2224	99.7
3.04-3.29		0.028	87.2	31001	2077	100
3.29-3.6		0.025	100.6	28765	1940	99.6
3.6-4.02		0.021	117.9	25873	1732	99.6
4.02-4.65		0.018	127	22953	1531	100
4.65-5.69		0.017	129	19722	1316	99.2
5.69-8.05		0.019	123.4	14936	1007	99.6
	8.05	0.015	148.5	7935	559	97

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→29.587 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.056 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. thiamine pyrophosphate restraints were obtained from the prodrg server, using coordinates from pdb entry 2PGN. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2034	2100	4.322 %	THIN SHELLS (SFTOOLS)
R_work	0.1723	-	-	-
obs	0.174	48583	99.895 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.98 Å² / B_iso mean: 18.995 Å² / B_iso min: 11.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.662 Å²	0 Å²	-0.976 Å²
2-	-	-0.221 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.118 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.587 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3495	0	88	314	3897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.292	1.982	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3.001	5990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.788	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.31	24.54	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.381	15	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.821	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.629	1.5	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.14	1.5	935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.137	2	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.762	3	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.842	4.5	1419

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.847		0	0.222	3564	3570	99.832
1.847-1.897	0.223	333	0.198	3156	3494	99.857
1.897-1.952		0	0.18	3380	3381	99.97
1.952-2.012	0.197	272	0.174	3002	3278	99.878
2.012-2.077	0.182	46	0.171	3147	3199	99.812
2.077-2.15	0.214	205	0.162	2881	3091	99.838
2.15-2.23	0.201	205	0.153	2765	2972	99.933
2.23-2.321		0	0.152	2875	2878	99.896
2.321-2.423	0.178	183	0.156	2562	2749	99.854
2.423-2.541	0.205	149	0.154	2492	2644	99.887
2.541-2.677		0	0.166	2493	2495	99.92
2.677-2.838	0.179	164	0.17	2226	2391	99.958
2.838-3.032	0.211	120	0.184	2112	2236	99.821
3.032-3.272	0.212	103	0.185	1959	2062	100
3.272-3.58	0.263	92	0.189	1836	1932	99.793
3.58-3.995	0.187	61	0.158	1699	1760	100
3.995-4.6	0.21	50	0.144	1482	1532	100
4.6-5.6	0.175	62	0.155	1259	1321	100
5.6-7.781	0.286	24	0.222	1005	1030	99.903
7.781-29.587	0.158	31	0.22	588	619	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6143	-0.6128	0.7378	1.8778	-1.4345	2.5227	0.0295	-0.0858	-0.094	-0.0387	0.0134	0.2109	0.0243	-0.2605	-0.0429	0.0103	-0.0015	0.001	0.0748	-0.0274	0.0732	-2.6042	71.3474	54.1739
2	3.1389	0.9923	0.344	1.3808	0.2669	0.7894	0.0064	0.2451	-0.0139	-0.174	-0.0012	-0.0476	-0.0491	0.0479	-0.0052	0.0859	0.0536	0.0039	0.0576	-0.0035	0.0141	14.2718	73.9829	34.6665

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	16 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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