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Yorodumi- PDB-3nt7: Crystal Structure of Vaccinia Virus Uracil DNA Glycosylase R187V ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nt7 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Vaccinia Virus Uracil DNA Glycosylase R187V Mutant | ||||||
Components | Uracil-DNA glycosylase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / URACIL-DNA GLYCOSYLASE FOLD | ||||||
Function / homology | Function and homology information uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | VACCINIA VIRUS WESTERN RESERVE | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Chattopadhyay, D. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2010 Title: Vaccinia virus D4 mutants defective in processive DNA synthesis retain binding to A20 and DNA. Authors: Druck Shudofsky, A.M. / Silverman, J.E. / Chattopadhyay, D. / Ricciardi, R.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3nt7.cif.gz | 188.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3nt7.ent.gz | 150.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3nt7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3nt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3nt7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2owqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27196.041 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R187V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) VACCINIA VIRUS WESTERN RESERVE / Gene: D4R, VACWR109 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta (DE3) plysS References: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Hepes , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→20 Å / Num. obs: 21064 / % possible obs: 89.7 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2OWQ Resolution: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.063 / SU ML: 0.207 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.294 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.226 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.401→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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