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万見
- PDB-3ryt: The Plexin A1 intracellular region in complex with Rac1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ryt
タイトルThe Plexin A1 intracellular region in complex with Rac1
要素
  • Plexin-A1
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / plexin / RasGAP / GTPase activating protein (GTPアーゼ活性化タンパク質) / Rac
機能・相同性
機能・相同性情報


olfactory nerve formation / Other semaphorin interactions / CRMPs in Sema3A signaling / RHOD GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / neuron projection guidance / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / RND1 GTPase cycle / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion ...olfactory nerve formation / Other semaphorin interactions / CRMPs in Sema3A signaling / RHOD GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / neuron projection guidance / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / RND1 GTPase cycle / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / NADPH oxidase complex / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / respiratory burst / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity / ruffle organization / negative regulation of cell adhesion / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / cell projection assembly / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / regulation of smooth muscle cell migration / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / semaphorin receptor complex / regulation of nitric oxide biosynthetic process / PCP/CE pathway / RHO GTPases activate KTN1 / motor neuron axon guidance / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / neuron projection extension / regulation of cell size / DSCAM interactions / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of axonogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / positive regulation of lamellipodium assembly / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of microtubule polymerization / regulation of cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell migration / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / secretory granule membrane / G protein activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins
類似検索 - 分子機能
Plexin-A1, Sema domain / GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain ...Plexin-A1, Sema domain / GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Plexin-A1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.582 Å
データ登録者Zhang, X. / He, H.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2012
タイトル: Plexins Are GTPase-Activating Proteins for Rap and Are Activated by Induced Dimerization.
著者: Wang, Y. / He, H. / Srivastava, N. / Vikarunnessa, S. / Chen, Y.B. / Jiang, J. / Cowan, C.W. / Zhang, X.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-A1
B: Plexin-A1
C: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,2915
ポリマ－163,7443
非ポリマー5472
水0
1
A: Plexin-A1
C: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4134
ポリマ－91,8662
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
2
B: Plexin-A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8781
ポリマ－71,8781
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.783, 110.783, 265.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Plexin-A1 / Plex 1 / Plexin-1


分子量: 71877.953 Da / 分子数: 2 / 断片: intracellular region (UNP residues 1269-1894) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kiaa4053, Plexin A1, Plxna1 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arcticexpress / 参照: UniProt: P70206
#2: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Rac1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 19988.107 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-177 / Mutation: Q61L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIG5, RAC1, TC25 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P63000
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG1500, 100 mM SPG buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.582→49.568 Å / Num. all: 20160 / Num. obs: 20090 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.103
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3IG3 AND 1MH1

3ig3

1mh1


解像度: 3.582→49.544 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1 / 位相誤差: 33.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3397 879 4.75 %RANDOM
Rwork0.2703 ---
all0.2736 20090 --
obs0.2703 18508 91.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 216.613 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1635 Å20 Å2-0 Å2
2--6.1635 Å20 Å2
3----12.3269 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.582→49.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9079 0 33 0 9112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49412682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3253121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5821-3.80640.46641500.43812538X-RAY DIFFRACTION82
3.8064-4.10020.411310.34652729X-RAY DIFFRACTION87
4.1002-4.51250.33481150.29282898X-RAY DIFFRACTION92
4.5125-5.16490.33291670.24313002X-RAY DIFFRACTION94
5.1649-6.50490.38591530.31633098X-RAY DIFFRACTION95
6.5049-49.54840.29221630.21833364X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3238-1.469-0.55391.02760.73240.7873-0.1031-0.0641-0.1239-1.07780.183-1.6811.57450.35210.13212.9086-0.4565-0.23090.23090.03541.0862-56.1463-32.1374-12.6168
25.5552.9228-0.54180.9944-0.313.9151-0.2902-0.0319-0.28590.19530.3814-0.15370.0376-0.1458-0.06170.3405-0.031-0.16040.00660.06090.3892-47.52924.0723-7.8453
30.4986-0.62420.81652.9867-1.16911.1759-1.1208-0.6985-0.2744-1.34120.0313-0.3832-0.3006-0.08080.44160.46110.4943-0.82271.8218-0.9260.4441-71.491324.7354-41.4615
40.26531.14662.88852.87160.9990.1744-0.3026-0.87990.14790.16160.07230.0330.9385-0.24610.20210.39880.184-0.0650.8747-0.15860.2495-52.0406-6.5281-42.0105
52.4305-1.3415-2.02050.48890.58713.85390.23840.67410.1663-0.1947-0.6956-0.8286-0.89180.31490.1521.17810.21370.00590.2233-0.12050.4154-56.7357-65.0011-17.6968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 1472:1657A1472 - 1657
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 1278:1471 and resseq 1676:1890)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 1472:1656B1472 - 1656
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resseq 1277:1471 and resseq 1673:1891)B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and (resseq 2:176 or resname GNP or resname MG)C2 - 176
6X-RAY DIFFRACTION5chain C and (resseq 2:176 or resname GNP or resname MG)C2 - 176
7X-RAY DIFFRACTION5chain C and (resseq 2:176 or resname GNP or resname MG)C2 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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