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万見
- PDB-3ru9: Specific recognition of N-acetylated substrates and domain flexib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ru9
タイトルSpecific recognition of N-acetylated substrates and domain flexibility in WbgU: a UDP-GalNAc 4-epimerase
要素WbgU
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / NAD(H) / UDP-hexose 4-epimerase / domain flexibility
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-アセチルグルコサミン-4-エピメラーゼ / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase activity / O antigen biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グリシン / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Unknown ligand / UDP-N-アセチルグルコサミン-4-エピメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Plesiomonas shigelloides (プレシオモナス・シゲロイデス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Bhatt, V.S. / Guan, W. / Wang, P.G.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Specific recognition of N-acetylated substrates and domain flexibility in WbgU: a UDP-GalNAc 4-epimerase
著者: Bhatt, V.S. / Guan, W. / Wang, P.G.
履歴
登録2011年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WbgU
B: WbgU
C: WbgU
D: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,28416
ポリマ－159,2884
非ポリマー2,99612
水5,639313
1
A: WbgU
C: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2389
ポリマ－79,6442
非ポリマー1,5947
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
2
B: WbgU
ヘテロ分子

D: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0467
ポリマ－79,6442
非ポリマー1,4025
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
Buried area4700 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.410, 77.410, 224.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
WbgU


分子量: 39822.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plesiomonas shigelloides (プレシオモナス・シゲロイデス)
遺伝子: wbgU / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7BJX9

-
非ポリマー , 5種, 325分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 200 mM Bis Tris Propane pH 6.5, microbatch under oil, temperature 298.15 K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.8 Å / Num. all: 75624 / Num. obs: 75624 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LU1

3lu1


解像度: 2.21→38.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.746 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23194 3800 5 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
all0.18348 71620 --
obs0.18348 71620 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.412 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10724 0 296 313 11333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02211268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7941.98215340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69751336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11223.969524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.744151844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5161568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.891.56676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.564210796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7834592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2974.54544
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 284 -
Rwork0.238 5320 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9350.29480.79552.2655-0.13111.5017-0.01230.372-0.088-0.25670.0039-0.29310.1190.24490.00830.0750.00350.02130.0806-0.00690.043415.5155-6.5849-13.6691
21.8410.31930.53252.2421-0.56381.5206-0.0392-0.27820.20640.34630.02360.2271-0.1492-0.22610.01570.07380.00170.01880.082-0.01690.043625.225132.5025-14.8777
31.00690.27280.22261.81140.20271.51250.0171-0.21520.02820.1507-0.10250.06240.0734-0.00880.08530.0692-0.0136-0.00760.0541-0.01680.052728.25451.217224.4235
41.0037-0.3305-0.25811.92230.24121.51690.01630.225-0.0082-0.169-0.10190.0463-0.0811-0.02370.08560.06650.01090.00140.0569-0.0130.0507-10.438221.152421.989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 341
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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