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万見
- PDB-3rsw: Crystal Structure of Heart Fatty Acid Binding Protein (FABP3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rsw
タイトルCrystal Structure of Heart Fatty Acid Binding Protein (FABP3)
要素Fatty acid-binding protein, heart
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Lipid carrier / molecular chaperone (シャペロン) / Heart Fatty Acid Binding Protein / Type 2 diabetes (2型糖尿病) / atherosclerosis (アテローム性動脈硬化)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport ...positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, heart
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Carney, D.F. / Shankaran, B. / Zwart, P.H. / Stebbins, J.W. / Prasad, G.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Heart Fatty Acid Binding Protein (FABP3)
著者: Carney, D.F. / Shankaran, B. / Zwart, P.H. / Stebbins, J.W. / Prasad, G.S.
履歴
登録2011年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, heart
B: Fatty acid-binding protein, heart


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3022
ポリマ－35,3022
非ポリマー00
水66737
1
A: Fatty acid-binding protein, heart


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6511
ポリマ－17,6511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, heart


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6511
ポリマ－17,6511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.472, 42.472, 168.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI / Muscle fatty acid-binding protein / M-FABP


分子量: 17651.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3, FABP11, MDGI / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P05413
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.2
詳細: 0.1M Citric Acid, pH 3.2 and 32% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.513
11K, H, -L20.487
反射解像度: 2.599→84.4 Å / Num. all: 9216 / Num. obs: 9216 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 62.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rsym value: 0.167 / Net I/σ(I): 11.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.599→42.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 20.78 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27306 395 4.3 %RANDOM
Rwork0.22615 ---
obs0.22829 8785 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.761 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.47 Å20 Å20 Å2
2--5.47 Å20 Å2
3----10.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.599→42.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 0 0 37 2123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8621.9612854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0315264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.4222584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.76415408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.862158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5921.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06722128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7473806
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6884.5726
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 24 -
Rwork0.191 654 -
obs--98.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3726-0.29690.81621.10480.13011.311-0.1893-0.2766-0.17560.28790.0927-0.35960.16760.33820.09670.2462-0.01190.00890.40040.03480.23319.7058-10.609410.935
22.46480.13750.55670.9588-0.43121.5085-0.09370.2083-0.0156-0.23320.09160.36940.1117-0.43570.00210.22880.01340.00750.3085-0.01890.2286-9.7084-10.5943-15.1926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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