+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rg8 | ||||||
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Title | Crystal structure of Treponema denticola PurE | ||||||
Components | Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, PurE protein | ||||||
Keywords | LYASE / Purine biosynthesis / Carboxylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / 5-amino-4-imidazole carboxylate lyase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Treponema denticola (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Mathews, I.I. / Starks, C.M. / Kappock, T.J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2011 Title: Treponema denticola PurE Is a Bacterial AIR Carboxylase. Authors: Tranchimand, S. / Starks, C.M. / Mathews, I.I. / Hockings, S.C. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rg8.cif.gz | 477.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rg8.ent.gz | 397.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rg8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rg8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rggC 1o4vS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17217.871 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Treponema denticola (bacteria) / Gene: PurE, TDE_0687 / Plasmid: pET23a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q73PV9, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 14-16% (W/V) PEG 1000, 0.1 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M IMIDAZOLE, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1.24 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Sep 9, 2006 Details: ROSENBAUM-ROCK MONOCHROMATOR 1:HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL SAGITTAL FOCUSING, ROSENBAUM-ROCK MONOCHROMATOR 2:DOUBLE CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.24 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.74→19.7 Å / Num. all: 112698 / Num. obs: 112698 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.6 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 17.5 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.74→1.79 Å / Redundancy: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8305 / Rsym value: 0.591 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1o4v Resolution: 1.74→19.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.762 / SU ML: 0.078 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.023 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.646 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→19.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.725→1.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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