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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rcz | ||||||
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タイトル | Rad60 SLD2 Ubc9 Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | protein binding/Ligase / SUMO-like Domain / protein:protein interaction / Ubc9 / protein binding-Ligase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mitotic chromosome condensation / SUMO E3 ligases SUMOylate target proteins / : / SUMO ligase regulator activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of nuclear envelope proteins ...regulation of mitotic chromosome condensation / SUMO E3 ligases SUMOylate target proteins / : / SUMO ligase regulator activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of nuclear envelope proteins / heterochromatin => GO:0000792 / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMO activating enzyme activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMO conjugating enzyme activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / replication fork processing / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA修復 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Perry, J.J.P. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2011 タイトル: DNA repair and global sumoylation are regulated by distinct Ubc9 noncovalent complexes. 著者: Prudden, J. / Perry, J.J. / Nie, M. / Vashisht, A.A. / Arvai, A.S. / Hitomi, C. / Guenther, G. / Wohlschlegel, J.A. / Tainer, J.A. / Boddy, M.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rcz.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rcz.ent.gz | 46.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rcz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/3rcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/3rcz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9793.047 Da / 分子数: 1 / 断片: SUMO-like Domain 2, UNP residues 332-406 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: rad60, SPBC1921.02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9USX3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18843.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: hus5, ubc9, SPAC30D11.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40984, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 20% PEG 8K, 200 mM imidazole malate buffer, pH 5.8, 600 mM LiNO3 and 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 21180 / Num. obs: 20990 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 30 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GOE.pdb 解像度: 1.9→33.265 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.732 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.265 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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