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Yorodumi- PDB-3r6f: Crystal structure of a zinc-containing HIT family protein from En... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3r6f | ||||||
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Title | Crystal structure of a zinc-containing HIT family protein from Encephalitozoon cuniculi | ||||||
Components | HIT family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / protozoan parasite / Microsporidia / zinc-containing enzyme / eukaryote / fungi / neurological impairment / nucleotide binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Encephalitozoon cuniculi (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a zinc-containing HIT family protein from Encephalitozoon cuniculi Authors: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Leonard, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3r6f.cif.gz | 68.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3r6f.ent.gz | 50.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3r6f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6f | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15757.020 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Encephalitozoon cuniculi (fungus) / Strain: GB-M1 / Gene: ECU08_0390 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8SRE4 |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Chemical | ChemComp-MPD / ( |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: EncuA.00754.a.A1 PS00985 at 33.27 mg/mL against JCSG+ condition E4, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulfate cryo-protected with MPD, crystal tracking ID 220684e4, ...Details: EncuA.00754.a.A1 PS00985 at 33.27 mg/mL against JCSG+ condition E4, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulfate cryo-protected with MPD, crystal tracking ID 220684e4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Mar 15, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. all: 12715 / Num. obs: 12691 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 31.651 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 32.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 53.35 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→19.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2333 / WRfactor Rwork: 0.1969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8664 / SU B: 6.57 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1526 / SU Rfree: 0.1415 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.142 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 55.5 Å2 / Biso mean: 25.4349 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→19.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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