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- PDB-3qsb: Structure of E. coli polIIIbeta with (Z)-5-(1-((4'-Fluorobiphenyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsb
タイトルStructure of E. coli polIIIbeta with (Z)-5-(1-((4'-Fluorobiphenyl-4-yl)methoxyimino)butyl)-2,2-dimethyl-4,6-dioxocyclohexanecarbonitrile
要素(DNA polymerase III subunit betaDNA polymerase III holoenzyme) x 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / DNA replication (DNA複製) / sliding clamp (DNAクランプ) / DnaN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity ...Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-743 / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wijffels, G. / Johnson, W.M. / Oakley, A.J. / Turner, K. / Epa, V.C. / Briscoe, S.J. / Polley, M. / Liepa, A.J. / Hofmann, A. / Buchardt, J. ...Wijffels, G. / Johnson, W.M. / Oakley, A.J. / Turner, K. / Epa, V.C. / Briscoe, S.J. / Polley, M. / Liepa, A.J. / Hofmann, A. / Buchardt, J. / Christensen, C. / Prosselkov, P. / Dalrymple, B.P. / Alewood, P.F. / Jennings, P.A. / Dixon, N.E. / Winkler, D.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Binding inhibitors of the bacterial sliding clamp by design
著者: Wijffels, G. / Johnson, W.M. / Oakley, A.J. / Turner, K. / Epa, V.C. / Briscoe, S.J. / Polley, M. / Liepa, A.J. / Hofmann, A. / Buchardt, J. / Christensen, C. / Prosselkov, P. / Dalrymple, B. ...著者: Wijffels, G. / Johnson, W.M. / Oakley, A.J. / Turner, K. / Epa, V.C. / Briscoe, S.J. / Polley, M. / Liepa, A.J. / Hofmann, A. / Buchardt, J. / Christensen, C. / Prosselkov, P. / Dalrymple, B.P. / Alewood, P.F. / Jennings, P.A. / Dixon, N.E. / Winkler, D.A.
履歴
登録2011年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1464
ポリマ－81,2772
非ポリマー8692
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area33200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.176, 66.519, 83.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta / DNA polymerase III holoenzyme


分子量: 40630.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaN / プラスミド: pND261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P0A988, DNAポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta / DNA polymerase III holoenzyme


分子量: 40646.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaN / プラスミド: pND261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P0A988, DNAポリメラーゼ
#3: 化合物 ChemComp-743 / (1R,5R)-5-{(1Z)-N-[(4'-fluorobiphenyl-4-yl)methoxy]butanimidoyl}-2,2-dimethyl-4,6-dioxocyclohexanecarbonitrile


分子量: 434.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27FN2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Na MES pH 6.0, 50-60mM CaCl2, 30%(v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 57969 / Num. obs: 57969 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -4 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5356 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MMI

1mmi


解像度: 1.9→24.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 5.339 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31701 2902 5 %RANDOM
Rwork0.24249 ---
all0.24621 54957 --
obs0.24621 54957 93.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å2-0.13 Å2
2--1.55 Å2-0 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5686 0 64 365 6115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0226181
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2051.9938409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0345.025794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.20623.741286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.726151100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8341560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2331.53839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17226246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.42432342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.444.52163
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.896→1.945 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 172 -
Rwork0.331 3493 -
obs--80.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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