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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qr2 | ||||||
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タイトル | Wild type CD147 Ig0 domain | ||||||
要素 | Basiginベイシジン | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / CD147 (ベイシジン) / EMMPRIN / Immunoglobulin-like domain / beta sheet (Βシート) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / neural retina development / endothelial tube morphogenesis / ピルビン酸 ...Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / neural retina development / endothelial tube morphogenesis / ピルビン酸 / photoreceptor cell maintenance / Basigin interactions / Aspirin ADME / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / odontogenesis of dentin-containing tooth / D-mannose binding / decidualization / photoreceptor outer segment / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Integrin cell surface interactions / response to cAMP / 着床 / Degradation of the extracellular matrix / photoreceptor inner segment / positive regulation of endothelial cell migration / 好中球 / protein localization to plasma membrane / 軸索誘導 / 筋鞘 / response to peptide hormone / positive regulation of interleukin-6 production / メラノソーム / virus receptor activity / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / 血管新生 / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / cadherin binding / 神経繊維 / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Redzic, J.S. / Armstrong, G.S. / Isern, N.G. / Kieft, J.S. / Eisenmesser, E.Z. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: The Retinal Specific CD147 Ig0 Domain: From Molecular Structure to Biological Activity. 著者: Redzic, J.S. / Armstrong, G.S. / Isern, N.G. / Jones, D.N. / Kieft, J.S. / Eisenmesser, E.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qr2.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qr2.ent.gz | 45 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qr2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qr2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 15300.972 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BSG, UNQ6505/PRO21383 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35613 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AS PER AUTHORS ILE IS THE CORRECT RESIDUE AT POSITION 45 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 Na2SO4, 20% w/v PEG sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.2053 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月4日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double Si111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2053 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→42.42 Å / Num. obs: 14268 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→42.42 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.716 Å2 / ksol: 0.281 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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